Михаил Высоков родился 30 марта 1955 года в поселке Вахрушев, Сахалинской Области. В 1977 окончил исторический факультет Южно-Сахалинского государственного педагогического института, ныне Сахалинский государственный университет.
Работал учителем в средней школе села Поречье с 1977 по 1978 год. После на протяжении года работал во Дворце пионеров и школьников в городе Южно-Сахалинске. С 1979 по 1991 год работал в Сахалинском областном краеведческом музее.
Далее был директором Сахалинского центра документации новейшей истории с 1991 по 1997 год и заместителем директора по региональным проблемам Сахалинской областной универсальной научной библиотеки с 1997 по 1998 год. С 1998 по 2011 год был директором Института истории, социологии и управления, заведующим кафедрой российской истории, профессором Сахалинского государственного университета.
Участник и руководитель научных экспедиций по Сахалину и Курильским островам. Автор работ по истории Сахалина и Курил, Дальнего Востока России, истории связи в России.
Основатель и главный редактор научного журнала «Краеведческий бюллетень: проблемы истории Сахалина, Курил и сопредельных территорий» (1990–2005). Основатель, составитель и главный редактор серий сборников «Этнографические исследования Сахалинского областного краеведческого музея» и «Россия и островной мир Тихого океана».
В 2005 году присвоено звание Доктор исторических наук.
С 2011 года является старшим научным сотрудником Всероссийского научно-исследовательского института документоведения и архивного дела.
Постоянно проживает в Москве.