Сергей Юшенков родился 27 июня 1950 года в деревне Медведково Калининской области. Окончил Торопецкий сельскохозяйственный техникум, Новосибирское высшее военно-политическое училище, Военно-политическую академию им. В.И.Ленина в Москве и адъюнктуру ВПА.
В 1987-1990 годах он был преподавателем марксистско-ленинской философии в ВПА. Политическая карьера Юшенкова началась в марте 1990 года, когда он был избран народным депутатом РСФСР. В 1992 году он был президентом Фонда поддержки демократических преобразований в России. В этот же период он был членом Комитета Верховного Совета (ВС) РСФСР по средствам массовой информации, связи с общественными объединениями и массовыми движениями граждан и изучению общественного мнения и членом Комиссии при председателе ВС РСФСР по проверке причин гибели и травматизма военнослужащих. Во время попытки государственного переворота в августе 1991 года участвовал в организации обороны Белого Дома.
С 12 декабря 1993 года Юшенков являлся депутатом Государственной Думы, находился на посту председателя Комитета Государственной Думы по обороне.
С мая 1996 года Юшенков являлся главным редактором газеты «Демократический выбор».
В 2000 году он стал сопредседателем политического движения «Либеральная Россия». В январе 2002 года руководство «Либеральной России» вышло из парламентской фракции «Союз правых сил» и встало в оппозицию государственной власти. В октябре того же года из «Либеральной России» был исключен ее спонсор Борис Березовский за призыв к объединению с национал-патриотической оппозицией. Съезд «Либеральной России», прошедший 7 декабря 2002 года, восстановил Бориса Березовского в партии и исключил всех остальных сопредседателей этой партии, в том числе и Сергея Юшенкова.
В 2003 году 17 апреля Сергей Юшенков был убит тремя выстрелами из пистолета Макарова около собственного дома в Москве. Как установил суд, убийство организовал сопредседатель лояльного Борису Березовскому крыла «Либеральной России» Михаил Коданев.