Владимир Зарудницкий родился 6 февраля 1958 года в городе Абинск Краснодарского края. В 1979 году окончил Орджоникидзевское высшее общевойсковое командное училище города Владикавказ, Республика Северная Осетия-Алания. Позднее получил два дополнительных образования в Военной академии имени М.В. Фрунзе и Военной академии Генерального штаба.

После обучения проходил службу в составе Группы советских войск в Германии. С 1979 по 1985 года назначен командиром взвода, разведывательной роты в составе ГСВГ. В 1985 году переведен в должность начальника разведки полка в составе ГСВГ, где прослужил два года.

С 1991 по 1994 года Владимир Борисович являлся начальником штаба полка, командиром полка в Дальневосточном военном округе. В 1994 году переведен в город Майкоп Республики Адыгея, где служил в течение трех лет военным комендантом.

Начальником штаба 131-й отдельной мотострелковой бригады в Северо-Кавказском военном округе Зарудницкий являлся с 1997 по 1998 года. С 1998 по 1999 года служил командиром 131-й отдельной мотострелковой Краснодарской, Краснознаменной, орденов Кутузова и Красной Звезды, Кубанской казачьей бригады в Северо-Кавказском военном округе.

С 2003 по 2005 года командовал 27-й гвардейской мотострелковой дивизией Приволжско-Уральского ВО. С января 2005 года по февраль 2007 года Владимир Зарудницкий исполнял обязанности начальника штаба, первого заместителя командующего армией в Сибирском ВО.

В период, с февраля 2007 по апрель 2009 года Зарудницкий возведен в должность командующего 36‑й армией Сибирского военного округа города Улан-Удэ. В 2009 году повышен до начальника штаба, первого заместителя командующего войсками Московского военного округа, где прослужил в течение трех лет. С марта 2011 года исполнял обязанности заместителя командующего войсками Южного военного округа.

Указом Президента РФ от 30 сентября 2011 года назначен начальником Главного оперативного управления Генерального Штаба Вооруженных Сил Российской Федерации, заместителем начальника Генерального штаба ВС РФ.

В декабре 2012 года Владимиру Борисовичу присвоено звание генерал-полковника. Через два года, в июне 2014 года, Указом Президента РФ назначен на должность командующего войсками Центрального военного округа.

Зарудницкий имеет множество наград: орден «За военные заслуги»; медаль «За укрепление боевого содружества»; медаль «За отличие в военной службе» I степени; юбилейная медаль «70 лет Вооруженных Сил СССР»; медаль «200 лет Министерству обороны»; медаль За отличие в военной службе I степени; медаль «За безупречную службу» II степени; медаль «За безупречную службу» III степени.