Сергей Жаворонков родился 16 февраля 1977 года. Окончил исторический факультет МГУ имени М.В.Ломоносова и аспирантуру ГУГН.
С 1997 года - сотрудник Рабочего центра экономических реформ при Правительстве России. С 1998 года - специалист, затем старший эксперт Института экономики переходного периода. Автор работ по экономическим вопросам. Регулярно публикуется в Научном вестнике ИЭПП.ру.
В 1995 году вступил в партию «Демократический выбор России». В 2001-2005 годах член партии «Союз правых сил», член московского политсовета СПС. С 2004 года - член Совета фонда «Либеральная миссия».
В 2005 году 30 октября принял участие в «Марше несогласных» совместно с Национал-большевистской партией. 7 ноября 2005 года был исключен из СПС федеральным политсоветом партии за участие в этом марше.
В феврале 2006 - феврале 2008 - функционер Российского народно-демократического союза. Один из организаторов «Маршей несогласных» в 2006-2007 годах.
В 2008 году вступил в движение «Солидарность», был избран членом федерального политсовета движения. В 2009-2010 - член политсовета московского городского отделения «Солидарности».
В 2010 году был исключен из движения «Солидарность» за ряд националистических высказываний в ЖЖ и социальных сетях.
В настоящее время является сопредседателем партии «Демократический выбор».