Амурская военная флотилия - формирование в составе военно-морского флота. Создана в 1900 как временное формирование для защиты форпостов России на Дальнем Востоке. В ее состав входили вооруженные коммерческие пароходы, которые осуществляли воинские перевозки, так как до постройки КВЖД реки Амур была единственным путем сообщения.

Постановление об учреждении Амурской военной флотилии было принято в июле 1906 года, для обороны пограничной линии амурского бассейна и обеспечения сообщений по реке Амур и постройке для нее специальных военных судов. В 1907 первые канонерские лодки вошли в состав флотилии. В 1910 она насчитывала 8 башенных мореходных канонерских лодок, 10 канонерских лодок с малой осадкой, 10 посыльных и несколько вспомогательных судов. Главная база находилась в городе Хабаровск.

В декабре 1917 была создана советская Амурская военная флотилия. В ее состав вошли суда и корабли, чьи экипажи перешли на сторону Советской власти. Флотилия принимала участие в борьбе с японскими интервентами и белогвардейцами, в установлении Советской власти в Хабаровске и Благовещенске. Моряки Сибирской и Амурской флотилий вели бои против отрядов атамана Семенова в Читинской области, 2 монитора и 5 канонерских лодок флотилии несли сторожевую службу на реках Амур и Уссури и оказывали содействие войскам Красной Армии. В истории флотилии есть момент когда ее корабли были захвачены японскими интервентами. 

Воссоздание флотилии началось в 1920 году в Благовещенске. Она была подчинена штабу Морских сил ДВР и перебазировалась в Хабаровск. В ее состав вошли мониторы «Шторм» и «Ураган», канлодки «Сибиряк», «Вогул» и «Калмык», 4 вооруженных парохода, 2 плавучие батареи. Амурская флотилия участвовала в разгроме белогвардейцев в Приморье. Существенную роль сыграли моряки в ликвидации последних очагов контрреволюции на Дальнем Востоке.

В апреле 1927, была переименована в Дальневосточную военную флотилию и подчинена Управлению ВМС РККА. Накануне конфликта на КВЖД, флотилия имела в составе 3 дивизиона кораблей, группу тральщиков, десантный батальон, отряд из 14 гидросамолетов. В ходе боевых действий во время советско-китайского конфликта флотилия успешно высадила ряд тактических десантов, огнем кораблей взламывала оборону противника, уничтожила Сунгарийскую военно-речную флотилию. Награждена орденом Красного Знамени.

Переименована в Амурскую Краснознаменную флотилию. Во время Великой Отечественной войны сформированные батальоны морской пехоты и другие подразделения сражались на сухопутных фронтах против немецко-фашистских захватчиков. В период войны с Японией в 1945 флотилия обеспечивала оперативные перевозки высадку десантов, форсирование рек Амур, Уссури, Сунгари. Вместе с частями 1-го и 2-го Дальневосточных фронтов участвовала в овладении рядом опорных пунктов японцев и городов Маньчжурии.

Указом президента РФ в 1995 году создана Амурская пограничная речная флотилия в составе пограничных войск Российской Федерации. Однако вскоре была расформирована. Из-за недофинансирования соединение разделено на отдельные бригады пограничных сторожевых кораблей и катеров. Все боевые корабли и катера переданы Федеральной пограничной службе.