Всей деятельностью «Моссада» руководит директорат в составе директора, его заместителей и административных служб. Директор «Моссада» входит в «Комитет руководителей разведывательных служб» или сокращенно «Вараш» и подчиняется напрямую премьер-министру Израиля.

Директорату подчиняются следующие управления:

Управление оперативного планирования и координации (Цомэт) - крупнейшее подразделение. Руководит всеми акциями шпионажа и имеет филиалы по всему миру, отчасти секретные, отчасти являющиеся частью консульств Израиля в других государствах. Предположительно управление подразделяется по региональной принадлежности. Основные резидентуры находятся в Риме и Лондоне.

Управление по борьбе с арабским терроризмом (ПАХА) - сбор и анализ данных по арабским террористическим организациям.

Информационно-аналитическое управление (НАКА) обеспечивает анализ добытой информации и выработку рекомендаций руководству и политикам.

Управление политических акций и связи с иностранными спецслужбами (Тевель) координирует работу со спецслужбами дружественных Израилю государств и поддерживает контакты со странами не имеющих официальных дипломатических отношений с Израилем. В более крупных консульских отделах есть сотрудники этого отдела. Оно же занимается продажей израильского оружия за рубежом.

Исследовательское управление составляет регулярные отчеты о ситуации в различных регионах мира. Подразделяется на 15 региональных групп, основное внимание уделяется странам Ближнего Востока. Отдельно существует группа, занимающаяся вопросами ядерного оружия.

Оперативно-техническое управление занимается материально-техническим обеспечением служб и операций «Моссада», развитием необходимых спецслужбе технических средств. В состав входит три отдела: оперативной техники, отдел фото- и видеосъемки, а также отдел проникновения в помещения.

Подразделение электронной разведки (Невиот) занимается сбором электронной информации, в том числе посредством подслушивающих устройств.

Управление психологической войны и дезинформационных акций (Лохама психологит - LAP) - занимается ведением психологической войны, пропагандой и разработкой обманных маневров.

Управление специальных операций (Мецада) - занимается силовыми акциями.

Спецподразделение «Кидон» («Копье») - занимается физическим уничтожением террористов. Численность «Кидон» - 3 группы по 12 бойцов.

Управление финансов и кадров выполняет функции обеспечения.

Учебное управление занимается подготовкой сотрудников и агентов. В состав учебного управления входит Академия «Моссада», занятия в которой ведут только действующие сотрудники.

Кроме вышеперечисленных управлений, в составе «Моссада» работают подразделения внешней контрразведки (АПАМ) и небольшая группа поиска бывших нацистов.

Похищение Эйхмана

В 1960 году «Моссад» обнаружил в Аргентине нацистского военного преступника Адольфа Эйхмана, отвечавшего во время Второй мировой войны за «окончательное решение еврейского вопроса» и непосредственно ответственного за уничтожение миллионов евреев. Опасаясь, что открытое дипломатическое требование выдачи может привести к его очередному исчезновению, «Моссад», с ведома премьер-министра, организовал похищение Эйхмана и его вывоз в Израиль. Операцию лично возглавил директор «Моссада» Иссер Харель.

Эйхман был схвачен 11 мая 1960 года группой агентов «Моссада» на улице Буэнос-Айреса, 9 дней содержался под стражей на конспиративной квартире, а 20 мая был вывезен в Израиль самолетом авиакомпании Эль Аль под чужими документами.

Дело Йоселе

В декабре 1959 года 6-летний Йоселе Шумахер, родившийся в светской семье, был похищен с помощью своего религиозного деда из ультраортодоксальной общины «Нетурей карто», отрицающей Государство Израиль и сионизм. Деда посадили в тюрьму, однако это не помогло вернуть мальчика. Год поисков ни к чему не привел, назревал политический скандал. И весной 1962 года дело Йоселе поручили «Моссаду». Иссер Харель поднял на ноги агентов во всем мире, разведка взяла под контроль зарубежную переписку всех членов общины «Нетурей карто». И вот в одном солдатском письме матери, проживавшей в Бельгии, нашли невинную реплику: «Как поживает малыш?». Расследование показало, что ни младших братьев, ни племянников у солдата не имеется. Мадлен Ферэ (так звали мать солдата) призналась, что это она увезла Йоселе, переодев девочкой, а также сообщила адрес в Нью-Йорке, где ребенок с тех пор находился. В сентябре 1962 года Йоселе нашли и торжественно доставили в Тель-Авив. Это одна из немногих операций, когда «Моссад» работал на публику.

Операция «Дамоклов меч»

Египет 22 июля 1962 года провел испытания баллистических ракет среднего радиуса действия. «Моссад» получил информацию, что над проектом работает ряд немецких ученых и инженеров. Иссер Харель был уверен, что речь идет о смертельной угрозе Израилю. Сначала немецкие специалисты стали получать угрожающие письма. Когда эти угрозы не возымели действия - начались теракты. Несколько инженеров погибли при вскрытии полученных по почте посылок со взрывчаткой. Несколько человек просто пропали. Например, 11 сентября исчез Хейнц Крюг - менеджер мюнхенского филиала компании «Интра» из Штутгарта, которая поставляла в Египет ракетные двигатели.

«Моссад» даже сумел завербовать бывшего немецкого диверсанта, оберштурмбанфюрера СС Отто Скорцени, коллеги которого также принимали участие в египетском проекте. В марте 1963 года два израильских агента были арестованы в Швейцарии при попытке вербовки людей, связанных с этим проектом. После этого Израиль начал действовать в открытую и обвинил Египет в создании неконвенционального оружия. Мировое общественное мнение, включая руководство ФРГ, поддержало израильтян. Немецкие ученые уехали, программа была свернута. Однако в связи с проведением терактов, против которых возражал премьер-министр Израиля Давид Бен-Гурион, ушел в отставку директор «Моссада» Иссер Харель. Заканчивал операцию уже новый руководитель разведки - генерал Меир Амит.

Операция «Ноев ковчег»

В 1969 году Франция, построившая на своей верфи Амио в Шербуре ракетные катера типа Саар 3 для израильского флота, объявила эмбарго на поставку любых вооружений, не желая осложнения отношений с арабскими странами. «Моссад» организовал операцию по угону 5 готовых, но невооруженных ракетных катеров, которые уже были оплачены Израилем. Для этого была организована подставная фирма «Старбот», которая готова была купить катера якобы для обслуживания нефтяных платформ в Норвегии. Мартин Симм, известный норвежский судовладелец, согласился помочь израильтянам и в качестве представителя «Старбот» в Норвегии подписал письмо руководителю французского Комитета по вооружениям при Министерстве обороны генералу Газеллю. Израильтяне и французы подписали соглашение, аннулировавшее договор о поставке катеров в Израиль, и «Старбот» смог их приобрести. Накануне Рождества, в 9-балльный шторм катера вышли из порта и после недельного морского перехода 1 января 1970 года прибыли в Хайфу.

Операция «Гнев Божий»

После теракта на мюнхенской Олимпиаде в сентябре 1972 года «Моссад» получил задание премьер-министра Голды Меир найти и уничтожить всех участников этой акции. Задание было выполнено, хотя в Ливане и Норвегии при этом погибло несколько посторонних лиц, непричастных к терроризму. Первый из организаторов теракта, Абдель Ваиль Зуайтер, был застрелен 16 октября 1972 года. К июню 1973 года 13 человек из 17, числящихся в списке «Моссада», были убиты. Последний из всех подлежавших уничтожению, лидер организации «Черный сентябрь» Абу Айяд, был убит своими соратниками в 1991 году через 19 лет после мюнхенской акции.

Операции против Ирака

На складе во Франции 5 апреля 1979 года взорвались два энергоблока, готовые к отправке в Ирак для строительства ядерного реактора. Впоследствии Нахум Адмони признался, что «Моссад» проводил спецоперации, которые «задержали осуществление иракской ядерной программы на годы». Однако Ираку удалось достроить реактор «Осирак» к 1981 году. «Моссад» сумел получить подробную информацию о реакторе и убедиться в его военной направленности. Это позволило Израилю впоследствии принять решение об уничтожении реактора и реализовать его с помощью авианалета 7 июня 1981 года.

В середине 1980-х годов иракские инженеры под руководством американского физика Джеральда Булла занимались усовершенствованием ракет типа «Скад» советского производства и создания на их базе многоступенчатых систем. Буллу удалось решить задачу сборки воедино пяти «Скадов» - и таким образом создать работоспособную первую ступень будущей ракеты-носителя «Аль-Абейд». Джеральд Булл в течение нескольких лет работал и над созданием пушки «Вавилон» калибром 1000-мм и длиной ствола 156 м. По замыслу создателя, 9-тонный заряд должен был доставлять 600 кг груза на расстояние до 1000 км, а снаряд с реактивным ускорителем еще удвоил бы это расстояние. Однако его проекту не суждено было завершиться: в марте 1990 года Джеральд Булл был застрелен в Брюсселе. Предположительно, в этом деле был замешан «Моссад».

Некоторые арабские СМИ обвиняют «Моссад» в том, что во время американской оккупации Ирака в период с 2003 по 2006 годы его агенты убили несколько сотен иракских ученых, связанных с ядерными, химическими и биологическими разработками, которые предположительно могли представлять угрозу для Израиля, если бы начали работать во враждебных Израилю странах.

Операция «Моисей»

В 1984 году «Моссад» осуществил беспрецедентную операцию по тайному вывозу самолетами из Африки нескольких тысяч эфиопских евреев в Израиль. За несколько месяцев было вывезено по разным данным от 14 до 18 тысяч человек. Операции осуществлялись под прикрытием созданной «Моссадом» туристической фирмы на берегу Красного моря. В январе 1985 года сведения об этой деятельности стали просачиваться в печать, и операцию пришлось свернуть. Оставшихся в Эфиопии евреев вывозили уже легально, в 1991 году в ходе операции «Соломон», когда ВВС Израиля вывезли из этой страны более 15 тысяч человек всего за 36 часов.

Похищение Вануну

В 1986 году израильский техник Мордехай Вануну, работавший в израильском ядерном центре в Димоне, выдал всему миру секрет наличия у Израиля ядерного оружия. Вануну удалось сделать многочисленные снимки ядерного центра изнутри и вывезти их за границу. Снимками и рассказом Вануну заинтересовалась лондонская газета Санди Таймс, однако еще до выхода первого материала Вануну был похищен израильскими спецслужбами. 24 сентября 1986 года агент «Моссада» Черил Бен Тов сумела познакомиться и войти в доверие к Вануну. 30 сентября они вылетели вместе отдохнуть в Рим. В отеле их уже ждали сотрудники «Моссада». Вануну вкололи снотворное и тайно вывезли в Израиль, где он был осужден на 18 лет тюрьмы.

Ликвидация Абу-Джихада

«Моссад» и другие спецслужбы Израиля регулярно проводят операции по уничтожению лидеров террористических организаций, в том числе за пределами страны. Одной из самых известных операций такого рода стала ликвидация 17 апреля 1988 года в Тунисе военного руководителя ФАТХ Абу-Джихада в совместной операции «Моссада», спецназа «Сайерет Маткаль» и «Шайетет 13»; руководство операцией осуществлял Эхуд Барак. «Моссад» заранее собрал информацию о внутренней планировке дома, где жил Абу-Джихад, о системе его охраны и графике передвижений, а также провел тренировки на точной копии виллы.

В ночь на 17 апреля коммандос высадились на берегу с резиновых лодок. Их ожидала в автомобилях прибывшая ранее под видом ливанских туристов группа агентов «Моссада», которые и доставили их к вилле. Четыре группы спецназа окружили виллу, застрелили трех охранников Абу-Джихада из бесшумных пистолетов и проникли в дом. Абу-Джихад, услышавший шум и схватившийся за оружие, был застрелен на пороге своей спальни, после чего группа удалилась, прихватив бумаги и компьютер террориста. Его жена Умм-Джихад, 16-летняя дочь и 2-летний сын не пострадали. Все участники операции благополучно вернулись на базу.

Покушение на Халеда Машаля

В Иордании 25 января 1997 года было совершено неудачное покушение на Халеда Машаля - руководителя организации «Хамас», признанной террористической в ряде стран. Два агента «Моссада» были схвачены после того, как прямо на улице Аммана впрыснули Халеду Машалю яд в ухо. Другие два агента укрылись в посольстве Израиля. По требованию иорданских властей Израиль предоставил противоядие и освободил из заключения духовного лидера Хамас Ахмеда Ясина. Взамен агенты были освобождены от наказания и отпущены на родину. Кроме этого у Израиля возникли дипломатические осложнения с Канадой, поскольку агенты въехали в Иорданию по канадским паспортам. Это покушение стало одним из самых громких провалов «Моссада» за всю историю его деятельности.

Ракетный скандал

«Моссад» настойчиво противодействует поставкам современного оружия в арабские страны. Так, в 2005 году Израилю удалось сорвать планируемую поставку в Сирию российских оперативно-стратегических ракет «Искандер-Э», организовав утечку информации об этой сделке, которая вызвала так называемый «ракетный скандал». В скандал были втянуты четыре государства: Россия, Сирия, Израиль и США. По мнению специалистов, ни одна поставка вооружений из России в арабские государства не ускользает от внимания израильских спецслужб.

Операции против Ирана

В июле 2003 года при невыясненных обстоятельствах в результате взрыва в исследовательском центре погиб ведущий иранский конструктор баллистических ракет Али-Махмуди Миманд. Взрыв произошел во время тестирования систем для баллистических ракет «Шихаб-3». Неофициально Иран полагает, что к взрыву мог иметь отношение «Моссад».

Есть предположение, что «Моссад» причастен к исчезновению 7 февраля 2007 года в Стамбуле бывшего заместителя министра обороны Ирана и командующего Корпусом стражей исламской революции генерала Али Реза Аскари. Через месяц генерал объявился уже в США, где попросил убежища.

Хотя «Моссад» и не удалось полностью остановить ядерную программу Ирана, однако ее реализация была существенно задержана. Как признался Дани Ятом, он встречался по этому поводу с Ельциным, Черномырдиным и Путиным, на тот момент директором ФСБ, но ему не удалось переубедить Россию прекратить ядерное сотрудничество с Ираном. По его мнению, требуя у «Моссада» информацию о якобы несанкционированных поставках ядерных технологий в Иран, российские чиновники скорее пытались выявить источники утечки информации, чем перекрыть каналы поставки.

О саботаже иранской ядерной программы со стороны «Моссада» пишет также Ричард Сэйл в Middle East Times. Он ссылается на мнение ряда экспертов, которые утверждают, что «теперь цель состоит в том, чтобы на максимально долгий срок оттянуть время, когда Иран окажется на грани обладания ядерным оружием», и для этого «Моссад» убивает иранских ученых-ядерщиков, а также создает препятствия к получению Ираном ядерных технологий.

В то же время, обсуждая обвинения Израиля со стороны Ирана в убийстве погибшего 12 января 2010 года в Тегеране в результате теракта физика-ядерщика Масуда Али Мохаммеди, Ю. Б. Шегловин из Института Ближнего Востока делает вывод, что Израилю эта операция была невыгодна, и вероятнее, что Мохаммеди был убит сотрудниками иранского КСИР в целях предотвратить потенциальную утечку информации о ядерной программе.

Новозеландские паспорта

Один из известных провалов «Моссада» в 2000-е связан с попыткой получения новозеландских паспортов. Агенты разведки нуждаются в паспортах нейтральных стран, которые дают им возможность ездить по всему миру, не возбуждая подозрений местной контрразведки.

Помимо известных ранее случаев с канадскими паспортами, в апреле 2004 года два израильтянина Ури Зоше Кельман и Эли Кара были арестованы в Новой Зеландии при попытке незаконного получения паспортов этой страны. Всего по этому делу проходило 4 человека. Большинство обозревателей уверено, что эти люди - сотрудники «Моссада», хотя ни они сами, ни МИД Израиля этого не признавали. Израильтяне лишь признали свою вину в преступном сговоре для незаконного получения паспортов, за что получили 6 месяцев тюремного заключения.

Убийство Махмуда аль-Мабхуха

19 января 2010 года в Дубае (ОАЭ) неустановленными лицами был убит один из основателей военного крыла ХАМАСа Махмуд аль-Мабхух, который занимался закупками оружия для этой организации. Тело Аль-Мабхуха было обнаружено в гостинице Al Bustan Rotana со следами удара электрошокером и удушения.

Убийство, а также связанный с ним факт использования поддельных паспортов ряда государств, были официально связаны со спецслужбами Израиля полицией Дубая в феврале того же года и Великобритании в марте. Большинство комментаторов считает, что ликвидацию аль-Мабхуха осуществили агенты «Моссада». Ряд стран провели расследование в связи с данным убийством: некоторые израильтяне были объявлены персонами нон грата, два палестинских араба, подозреваемых в сотрудничестве с «ликвидаторами», выданы Иорданией полиции Дубая.