Начальник Главного управления имперской безопасности Рейнхард Гейдрих 31 июля 1941 года получил приказ от Германа Геринга о разработке плана по «окончательному решению еврейского вопроса», фактического уничтожения еврейского народа. Это решение было логическим продолжением расового антисемитизма немецких национал-социалистов. Гейдрих являлся одним из главных архитекторов Холокоста и реализаторов замысла геноцида евреев в Германии и оккупированных странах.

Согласно идеологии нацистов, евреи являлись ведущей силой мирового коммунистического движения, врагами Рейха и воплощением образа врага. Евреи, наряду с неграми, цыганами, восточными славянами и прочими неарийскими народами объявлялись «недочеловеками».

После оккупации Польши Гейдрих отдал приказ создать для евреев специальные районы компактного поселения в крупных городах, гетто, куда должны были быть переселены евреи из сельской местности, а также из самой Германии, а также сформировать из местного еврейского населения занимающиеся делами евреев «еврейские советы». Таким образом, Гейдриху удалось заставить самих евреев участвовать в политике собственного уничтожения.

В декабре 1939 года Гейдрих назначил Эйхмана главой специального подразделения РСХА по делам евреев и затем с его помощью провел массовые депортации евреев из Германии и Австрии в польские гетто. Однако отправка евреев в гетто была для Гейдриха лишь этапом, промежуточной станцией на пути к окончательной цели - полному уничтожению еврейского населения Европы.

В ходе оккупации стран Восточной Европы и значительной территории Советского Союза в руках немецкой администрации оказалось огромное количество евреев, которые с точки зрения нацистов являлись расово неполноценным народом, подлежащим уничтожению. В то же время специальные расстрельные команды, созданные для проведения политики террора и национального истребления, уже не справлялись с задачами уничтожения такого огромного количества людей.

Еще в декабре 1940 года Гитлер через Гиммлера и Геринга поручил Гейдриху выработать план «окончательного решения» еврейского вопроса. Составленный Гейдрихом план не сохранился, однако известно, что он был направлен Гитлеру в конце января 1941 года. Летом 1941 года Гитлер довел до высшего руководства Рейха приказ об «Всеобщем решении еврейского вопроса». Текст приказа не сохранился, однако о существовании такого документа известно из показаний на Нюрнбергском процессе.

Геринг 31 июля направил Гейдриху директиву с поручением провести подготовительные мероприятия на территориях, находившихся под контролем Германии. В пригороде Берлина на озере Гросер-Ванзе 20 января 1942 года была собрана так называемая Ванзейская конференция, целью которой стала выработка плана по уничтожению евреев в масштабах Европы.

В рамках своего проекта Гейдрих предлагал отправить евреев на принудительные работы на Восток, где большая их часть должна была погибнуть от изнурительного труда. Выжившие должны были подвергнуться «специальному обращению», то есть физически уничтожены. Всего по подсчетам ликвидации подлежали одиннадцать миллионов евреев.

Таким образом, именно Гейдрих сформулировал основы «окончательного решения еврейского вопроса». До сих пор остается неясным, является ли название операции по уничтожению польских евреев «Операция Райнхардт» производной от имени Гейдриха или от фамилии статс-секретаря Фрица Райнхардта. Большая часть решений Ванзейской конференции стала осуществляться уже после гибели Гейдриха.