После неудачного похода в Волынь, Юрий Долгорукий, возвратившись в Киев 15 мая 1157 года гулял на пиру у боярина Петрилы. Резко почувствовал недомогание, что стало результатом явного его отравления киевской знатью. Через несколько часов страданий князь Киевский скончался. Юрий Долгорукий был крайне непопулярен среди киевлян, сразу же после смерти хозяина, его двор был разграблен народом. Киев снова занял представитель линии черниговских Давыдовичей Изяслав.

Юрий планировал оставить Ростов и Суздаль своим младшим сыновьям, рассчитывая, что старшие после его смерти удержатся на юге, и взял с Ростова и Суздаля соответствующую присягу. Однако удержаться на юге удалось только Глебу, женатому на дочери Изяслава Давыдовича; тем самым Переяславль обособился от Киева. Старшего сына Долгорукого Андрея приняли на княжение Владимир, Ростов и Суздаль. Через несколько лет Андрей выслал младших братьев в Византию.

Юрий Долгорукий похоронен в киевской церкви Спаса на Берестове. Однако экспедиция с целью эксгумации, исследования его останков и дальнейшего перезахоронения начатая в 1947 году, в гробнице останков князя так и не обнаружила, а на предполагаемом месте захоронения Юрия Долгорукого был установлен кенотаф в виде древнерусского саркофага.