В результате спланированной операции на Восточным Фронте Красная армия, 14 ноября 1919 года, заняла Омск в ходе Гражданской войны. Город находился под контролем правительства во главе с Верховным Правителем России, адмиралом Александром Васильевичем Колчаком. Он отказался от обороны Омска и покинул его вместе правительством. Красная Армия взяла город практически без боя и настолько быстро, что многие колчаковские офицеры и чиновники не успели понять, что произошло.

Омское Правительство было составлено из Верховного Правителя, Совета Министров и Совета Верховного Правителя. Также в правительство входило Чрезвычайное Государственное Экономическое Совещание, которое позднее было преобразовано в Государственное Экономическое Совещание.

При Омском правительстве 17 декабря 1918 года было создано особое «Подготовительное совещание», занимавшееся вопросами внешней политики и координирующее деятельность с делегацией «Русского Политического Совещания», представляющей Белую Россию на Парижской мирной конференции.

При Колчаке был восстановлен Правительствующий Сенат. Департамент милиции и государственной охраны, официально включенный в состав Министерства Внутренних дел, фактически был самостоятельной структурой. Руководство идеологической работой было возложено на Центральный осведомительный отдел при Главном штабе и Отдел печати при канцелярии Совета Министров.

Правительство состояло в основном из бывших членов делового Совета Министров Уфимской директории, содействовавших перевороту Колчака. Объединяло сибирских областников кадетского направления, кадетов и народных социалистов.

Верховный Правитель России как глава государства сосредоточил в своих руках все ветви власти: исполнительную, законодательную, судебную. Он обладал неограниченной властью, являясь высшей руководящей инстанцией. Любой законодательный акт становился действующим лишь после подписи Верховным Правителем. Также Верховный Правитель являлся одновременно и Верховным Главнокомандующим.

Власть Верховного Правителя рассматривалась как исключительно временная, до победы над большевиками и созыва Учредительного собрания. Накануне падения Омска, утром 10 ноября 1919 года Совет Министров выехал в Иркутск по Транссибирской железной дороге. Здесь он оказался оторванным от армии и от Верховного Правителя. Омск пал 14 ноября, фронт разваливался. Подавленный неудачами, Вологодский подал в отставку.

Сформировать новое правительство было поручено Пепеляеву, который вскоре уехал из Иркутска к Колчаку. По всей Сибири начались массовые восстания, белые неумолимо отступали на восток. В этой обстановке 21 декабря 1919 года в Черемхове вспыхнуло рабочее восстание, 24 декабря поддержанное в самом Иркутске. Руководство над Правительством взял на себя Управляющий Министерством Внутренних Дел Александр Червен-Водали.

Он вместе с военным министром Михаилом Ханжиным и временно управляющим министерством путей сообщения Ларионовым 28 декабря образовал оперативный орган государственного управления - так называемую «троекторию». Из-за пассивности чехословаков, объявивших о своем нейтралитете, «троектория», не имевшая должного количества войск под рукой, была вынуждена пойти на переговоры с лидерами антиколчаковского восстания.

Осознавая близость своего краха, Колчак 4 января 1920 года подписал указ о предрешении своего отречения в пользу генерала Деникина, которому власть планировалось передать по прибытии в Верхнеудинск. Власть на Востоке России переходила к атаману Семенову, а 5 января власть над Иркутском оказалась в руках эсеро-меньшевистского Политцентра. Российское правительство было низложено.