Восстание Чехословацкого корпуса в Челябинске вспыхнуло 17 мая 1918 года, положив начало гражданской войны в России. Этому событию предшествовала стычка между чехословацким эшелоном и эшелоном пленных венгерских солдат. В те времена между чехами и словаками с одной стороны, и венграми с другой, была сильнейшая национальная неприязнь.

Брошенной из венгерского эшелона чугунной ножкой от печки был тяжело ранен чешский солдат Франтишек Духачек. В ответ Чехословаки подвергли самосуду виновника - венгра или чеха Иогана Малика. Ему были нанесены несколько штыковых ударов в грудь и шею. По следам инцидента советские власти на следующий день арестовали нескольких чехословаков.

Чехословаки 17 мая 1918 года силой освободили задержанных товарищей, разоружили красногвардейцев и захватили городской арсенал - 2 800 винтовок и артиллерийскую батарею. Съезд делегатов всех частей Чехословацкого корпуса, на котором был образован Военный Совет из трех человек для координации действий группировок корпуса и установления связи с местными антибольшевистскими организациями, был проведен в Челябинске 20 мая 1918 года.

После этого восставшие, разгромив брошенные против них силы Красной гвардии, заняли еще несколько городов, свергнув в них власть большевиков. Чехословаки стали занимать города, лежащие у них на пути: Петропавловск, Курган, открыли дорогу на Омск. Другие части вошли в Новониколаевск, Мариинск, Нижнеудинск и Канск. В июне 1918 года чехословаки вошли в Томск.

Неподалеку от Самары легионеры разбили советские части и пробили себе возможность переправы через Волгу, а 4 июня Антанта объявляет Чехословацкий корпус частью своих вооруженных сил и заявляет, что будет рассматривать его разоружение как недружественный акт в отношении Антанты.

Положение усугубляется давлением Германии, не прекращавшей требовать от большевистского правительства разоружения чехословаков. В захваченной чехословаками Самаре 8 июня было организовано первое антибольшевистское правительство - Комитет членов учредительного собрания, 23 июня - Временное Сибирское правительство в Омске. Это положило начало формированию других антибольшевистских правительств по всей территории России.

Командир Первой дивизии Станислав Чечек отдал приказ, в котором особенно подчеркнул следующее: «Наш отряд определен как предшественник союзнических сил, и инструкции, получаемые из штаба, имеют единственную цель - построить антинемецкий фронт в России в союзе с целым русским народом и нашими союзниками».

Русские добровольцы Генерального штаба подполковника Каппеля берут повторно Сызрань, а Чечек - Кузнецк. Следующая часть Народной армии КОМУЧа Каппеля пробивалась через Бугульму к Симбирску и вместе они направились на Саратов и Казань. На Северном Урале полковник занял Тюмень, а прапорщик Чила - Екатеринбург. На востоке генерал Гайда занял Иркутск и Читу.

Под напором превосходящих сил большевиков части Народной армии КОМУЧа оставили 10 сентября Казань, 12 сентября - Симбирск, в начале октября - Сызрань, Ставрополь, Самару. В чехословацких легионах росла неуверенность в необходимости вести бои в Поволжье и на Урале.

Вести о провозглашении независимой Чехословакии усилили желание вернуться домой. Падение боевого духа легионеров в Сибири не смог остановить даже Милан Штефаник во время своей инспекционной проверки в ноябре-декабре 1918 года. С января 1919 года чехословацкие части стали собираться к магистрали, и в течение четырех последующих месяцев 259 эшелонов отправилось с Урала на восток, к Байкалу.

Командующий Чехословацким войском в России генерал Ян Сыровый 27 января 1919 года издал приказ, объявляющий участок магистрали между Новониколаевском и Иркутском операционным участком Чехословацкого войска. Это и другие обстоятельства привели к конфликту с Белыми войсками полковника Каппеля которые тоже отходили вдоль железной дороги в условиях 50-ти градусного мороза.

Каппель вызвал на дуэль Яна Сырового за поддержку большевиков и выдачу в Иркутске представителями эсеро-меньшевистского Политического центра адмирала Колчака. В то же время чехословацким легионерам по-прежнему приходилось противостоять атакам Красной Армии и других военных группировок, которые действовали на восток от Урала.

Более того, нарастали противоречия между командованием и рядовыми солдатами легиона. Делегаты запрещенного Второго съезда сибирского войска, который состоялся 20 мая в Томске, были арестованы и отправлены в Горностай во Владивостоке. В конечном итоге чехословаки помогли падению режима Колчака в Омске.

В это время из Иркутска во Владивосток отправился последний военный эшелон с чехословаками. Последним препятствием была дикая дивизия атамана Семенова. Победа легионеров стала их заключительной военной операцией в Сибири. В конечном итоге им удалось эвакуироваться через Владивосток.