Однажды одиннадцать выходцев из Мюнхенского гимнастического общества, в котором футболу не уделялось достаточного внимания, собрались в ресторанчике «Гизела» и решили основать футбольный клуб, так 27 февраля 1900 года был основан клуб «Бавария».

Восхождение клуба началось в 1907 году, когда баварцы переехали в Мюнхен. Местная команда ФК «Ваккер» первой испытала на себе грядущую силу клуба, проиграв баварцам 1:8. Первый успех «Баварии» - высшее место в мюнхенском футболе, но первым существенным достижением стало чемпионство в Восточном регионе в 1910 году.

В следующем году «Бавария» защитила свой титул. К тому времени в рядах клуба играл член национальной сборной Макс Габлонски. Вскоре после этого дела быстро пошли в гору. К 1920 году «Бавария» имела в своем распоряжении около 700 членов клуба и стала тем, чем является сейчас - крупнейшим футбольным клубом Мюнхена.

В 1926 году команда выиграла чемпионат Южной Германии, а в 1932 году добилась победы в чемпионате страны, обыграв франкфуртский «Айнтрахт» - 2:0. «Бавария» стала известной всей Германии. Вскоре разразилась Вторая мировая война, и спорт в Германии остановился.

В 1964 году в «Баварию» пришел новый атакующий полузащитник Франц Беккенбауэр. Став одним из лучших игроков мирового футбола, новый полузащитник сделал «Баварию» одной из самых популярных современных команд не только Германии, но и мира. Сам Франц Беккенбауэр стал президентом футбольного клуба «Бавария» в 1994 году.

Сегодня «Бавария» является самым титулованным профессиональным футбольным клубом в немецком футболе, выиграв 25 титулов чемпиона, 17 Кубков Германии, и относится к числу немногих клубов, выигравших Кубок европейских чемпионов 3 раза подряд.