Германская академия наук была основана 11 июля 1700 года в Берлине. На момент создания она называлась «Научное общество курфюрста Бранденбургского». Такое наименование предложил ее первый президент философ Готфрид Лейбниц. Король отказался финансировать деятельность Академии, но взамен предоставил ей право на издание календарей в Бранденбурге.

Указ о создании Академии подписал прусский курфюрст Фридрих I. Организация ее проходила при активном участии выдающегося немецкого философа и математика Готфрида Лейбница, ставшего ее первым президентом.

В 1701 году Фридрих стал королем Пруссии, и Академия была переименована в Прусское Королевское научное общество. Для исследований ученые получили обсерваторию, анатомический театр, ботанический сад.

В 1719 году был принят устав, действовавший до 1830 года. В 1744 году, уже в правление Фридриха II, общество было переименовано в Королевскую Академию наук. Улучшилось финансирование Академии. Она была расширена и обеспечена лабораторией. Для участия и руководства Академией были приглашены первоклассные ученые. В 19 веке Прусская Академия уже была авторитетным научным учреждением.

В 20 веке, при нацистах, Академия подверглась расовой чистке. После войны на ее базе была создана Германская Академия наук, а в 1971 году Академия вновь получила новое имя: Академия наук ГДР. После объединения Германии Академия стала называться Берлин-Бранденбургской Академией наук.