Музей подводных сил России имени легендарного капитана подводной лодки Александра Маринеско создан распоряжениями губернатора Санкт-Петербурга Владимира Яковлева и Комитета по управлению городским имуществом Администрации города 8 мая 1997 года. Является уникальным военно-историческим музеем, специализирующимся на истории подводного флота.

Фонды музея содержат около 13500 экспонатов, из которых больше половины в силу нехватки пространства находятся в запасниках. Музейная экспозиция сосредоточена на истории подводного флота Российской Империи, СССР, России, и охватывает период истории от первых проектов подводных лодок до современных атомных субмарин. Подводные силы других стран в виде исключения представлены единичными экспонатами.

В музее представлены личные вещи, документы и фотографии подводников, большое количество подробных моделей подводных лодок, подлинное оборудование, использовавшееся ранее на подводных лодках, торпедное вооружение, подлинные элементы экипировки и обмундирования подводников, средства защиты, регенерации воздуха и многое другое. Периодически в музее проходят выставки, приуроченные к датам из жизни российского флота, встречи ветеранов-подводников. Музеем издаётся бюллетень «Вестник подплава».

Постоянная экспозиция размещена в трёх основных залах, фойе и на открытой площадке около музея. Первый зал музея разделён декоративными переборками на пять помещений, что придаёт залу схожесть с подводной лодкой. Экспозиция посвящена, в основном, истории подводных сил Российской Империи. Во втором зале представлены боевые посты подводной лодки проекта 671. Основная тема - атомный подводный флот СССР. Третий зал - лекционный, его экспозиция посвящена современной истории подводных сил России.

Музей занимает часть первого этажа многоэтажного жилого дома. Расположение, в частности объясняется близостью Богословского кладбища, на котором похоронен Маринеско и другие подводники. Кроме того, в относительной близости от музея, на Большом Сампсониевском проспекте находится завод «Мезон», на котором с 1953 года работал Маринеско. В 1998 году рядом с музеем была установлена рубка подводной лодки Б-107 проекта 641. В 2007 году в музее был проведён ремонт, в результате которого в одну из стен зала был вмонтирован переборочный люк с атомной подлодки К-385.

Александр Маринеско по ущербу противнику в тоннаже потопленных судов был подводником №1. Однако долгие годы о герое не вспоминали - он был слишком неординарной личностью для эпохи, когда всех любили причесывать под одну гребенку. Лишь в 1960 году с Маринеско сняли взыскания и восстановили в звании капитана III ранга. А спустя 23 года после его смерти, в 1990 году, по ходатайству ветеранов Балтийского флота указом президента Горбачева ему было присвоено звание Героя Советского Союза.