Владимир Яковлев родился 25 ноября 1944 года в городе Олекминск, Республика Саха. С 1965 по 1968 год служил в Закавказском военном округе. После армии Яковлев пошел работать на производство, вступил в партию. В 1974 году окончил Северо-Западный заочный политехнический институт по специальности «электрические машины». Вступил в ряды Коммунистической партии Советского Союза. Работал мастером, затем управляющим строительным трестом.
В 1987 году Яковлев назначен заместителем начальника Жилищного управления Ленгорисполкома, а затем главным инженером жилищного хозяйства. Через несколько лет был назначен председателем комитета по городскому хозяйству и заместителем мэра города Санкт-Петербурга. С 1994 года занимал должность первого заместителя мэра. В это же время получил звание «Заслуженный строитель России».
Владимир Анатольевич участвовал в выборах губернатора города Санкт-Петербурга, которые выиграл во втором туре 2 июня 1996 года. Получил звание «Почётный строитель России». В следующих выборах губернатора города Санкт-Петербурга 2000 года, Владимир Яковлев одержал победу в первом туре. Но в июне 2003 года досрочно сложил с себя полномочия губернатора. После этого, указом Президента Российской Федерации, назначен на должность заместителя Председателя Правительства. Для этого отдельным указом Президента в структуре федеральных органов исполнительной власти была введена дополнительная должность.
Владимир Анатольевич курировал жилищно-коммунальное хозяйство, строительство, развитие и работу транспорта. Указом Президента Российской Федерации 24 февраля 2004 года отправлен в отставку в составе Правительства Михаила Касьянова.
В 2004 году Яковлев назначен Полномочным представителем Президента Российской Федерации в Южном федеральном округе. В том же году заступил на должность министра регионального развития Российской Федерации.
Владимир Яковлев является кандидатом экономических наук, профессором кафедры городского хозяйства Санкт-Петербургского государственного политехнического университета, почётным доктором Санкт-Петербургского государственного университета экономики и финансов, академиком Международной инженерной академии.
С 2007 года ушел на пенсию. В апреле 2009 года избран президентом Российского союза строителей. В 2012 году решением IX съезда Российского Союза строителей повторно избран президентом РСС сроком на 5 лет.
Яковлев Владимир Анатольевич вдовец. Был женат на Ирине Ивановне Яковлевой. Воспитал сына, Игоря 1970 года рождения.