Папа римский Клемент VII специальной буллой «Religionis zelus» от 3 июля 1528 года, узаконил монашеский орден капуцинов. Документ давал право отцу Маттео ди Башо и его последователям свободно проповедовать. Новая община получила название «меньшие братья отшельнической жизни» и сначала существовала как конгрегация в рамках Ордена францисканцев-конвентуалов. Капуцины носили бороды, грубые коричневые власяницы, подпоясанные веревкой, остроконечные капюшоны и сандалии. Монахи вели аскетический образ жизни, занимались проповеднической деятельностью, делами милосердия.

К моменту возникновения ордена капуцинов, в 1525 году, монахи-францисканцы уже были разделены на две независимые ветви. Первые - конвентуалы жили на установленные папой доходы, а другие - обсерванты, следуя первоначальному францисканскому идеалу абсолютной бедности, отказались от фиксированных доходов и жили за счет случайных пожертвований.

Однако на практике обсерванты допускали некоторые послабления. Отец Маттео ди Башо, будучи членом ордена миноритов-обсервантов и сторонником самого строгого понимания идеала францисканской бедности, добился согласия Рима на учреждение ордена капуцинов.

Монахи вели аскетический образ жизни, занимались активной проповеднической деятельностью, делами милосердия. Во время эпидемий чумы в 17 веке в Италии погибло более 400 капуцинов, ухаживавших за больными. Самоотверженность капуцинов в Испании и Франции во время эпидемии 1656-1657 годов, когда умерло 311 братьев, в 1663 году была удостоена публичной благодарности короля Людовика XIV.

Апостольские труды монахов были по достоинству оценены простыми людьми, за радушие и щедрость называвшими их «братьями народа». Сегодня общее число капуцинов в мире составляет около 14 000 человек. В том числе, с конца 20 века, они ведут активную деятельность и на территории некоторых бывших советских республик.

В Императорском склепе, расположенном под капуцинской церковью в Вене, захоронено более 190 членов Габсбургской династии. В расположенных под монастырем капуцинов в Палермо катакомбах в открытом виде покоятся тела около 8 000 человек, погребенных здесь в промежутке между 1599 и 1920 годами.