В обстановке всеобщей государственной нестабильности 7 марта 1609 года, потерпела крах попытка группы бояр низложить царя Василия Шуйского в Москве. Заговор в России возглавили московские дворяне: князь Роман Гагарин и Тимофей Грязной. Заговорщики с толпой ворвались в Кремль, требуя разжалования Василия Шуйского: «царя Василия переменити», поскольку тот «чрез происки взошел на престол» и «от неразумного его правления проливается кровь в междоусобиях».

Опасаясь насилия, члены думы не слишком спорили с мятежниками. Когда толпа двинулась из дворца на площадь, они воспользовались суматохой и разбежались по своим дворам. Но, несмотря на старания, заговорщикам не удалось спровоцировать восстание столичного посада.

Царь успел вызвать отряды верных ему войск из лагеря на Ходынке. Когда заговорщики бросились к царской резиденции, чтобы арестовать Шуйского, момент был упущен. Видя, что широкой поддержки у них нет, заговорщики бежали в Тушино, где в то время находился лагерь Лжедмитрия II. В результате неудавшегося мятежа Василий Шуйский остался на престоле.

Хотя большая часть страны была освобождена от антиправительственных сил к марту 1610 года, в сентябре 1609 года в пределы России вторгся польско-литовский король Сигизмунд III, осадивший Смоленск. Царь Василий Шуйский не был популярен в народе. Кроме того, антишуйские настроения в Москве были подогреты неожиданной смертью молодого полководца Скопина-Шуйского.

Поражение войск Дмитрия Шуйского под Клушином от армии Сигизмунда 4 июля 1610 года и восстание в Москве привели к падению Шуйского. Частью боярства, столичного и провинциального, 27 июля 1610 года Василий IV Иоаннович был свергнут с престола и насильственно пострижен в монахи, причем отказался сам произносить монашеские обеты.

В сентябре 1610 он был выдан, не как монах, а в мирской одежде, польскому гетману Жолкевскому, который вывез его и его братьев Дмитрия и Ивана в октябре под Смоленск, а позднее в Польшу. В Варшаве царь и его братья были представлены как пленники королю Сигизмунду и принесли ему торжественную присягу.

Бывший царь умер в заключении в Гостынинском замке, в 130 верстах от Варшавы, через несколько дней там же умер его брат Дмитрий. Третий брат, Иван Иванович Шуйский, впоследствии вернулся в Россию. В 1635 году по просьбе царя Михаила Федоровича останки Василия Шуйского были возвращены в Россию. Василия погребли в Архангельском соборе Московского Кремля.