В Грузии 4 января 2004 года состоялись выборы президента. По итогам обработки 100% голосов победу одержал Михаил Саакашвили, представлявший партию «Единое национальное движение». Голосование прошло после того, как бывший глава государства Эдуард Шеварднадзе подал в отставку в результате цветной Революции роз, а исполняющей обязанности президента стала Нино Бурджанадзе.

Кандидатуру Саакашвили поддержали 96,27% избирателей. Остальные претенденты на пост главы государства набрали менее 2% голосов. Так, после обработки бюллетеней, Теймураз Шашиашвили набрал 1,87%, Роин Липартелиани получил 0,26%, Заза Сихарулидзе - 0,24%, Картлос Гарибашвили - 0,21%, Зураб Келехсашвили - 0,10%. Против всех проголосовали 1,07% избирателей.

В 2004 году произошло объединение «Национального движения» с политической организацией «Объединенные демократы» Зураба Жвании. Блок получил название «Национальное движение - Демократы», и впоследствии на его основе была создана партия «Единое национальное движение». Михаил Саакашвили стал ее лидером.

Ранее, 26 ноября 2003 года, Михаил Саакашвили был выдвинут единым кандидатом на пост президента Грузии от двух блоков: «Национальное движение» и «Бурджанадзе - демократы». В марте 2004 года объединенный блок Саакашвили и Бурджанадзе «Национальное движение - демократы» одержал победу на парламентских выборах, получив более 76% голосов.

Революция роз, по итогу которой Саакашвили стал президентом Грузии, произошла в ноябре 2003 года. Основной мотив революции - фальсификации парламентских выборов 2 ноября 2003 года. В ходе революции Эдуард Шеварднадзе сложил свои полномочия и руководство страной перешло к оппозиционерам во главе с Михаилом Саакашвили.

На момент прихода Михаила Саакашвили к власти центральная власть не контролировала Абхазию и большую часть Южной Осетии, которые объявили о своей независимости в начале 1990-х годов. Кодорское ущелье фактически являлось неконтролируемой территорией, а Аджария представляла собой полунезависимую автономию.

Глава Аджарии Аслан Абашидзе и уполномоченный президента в Кодорском ущелье Эмзар Квициани поддержали во время Революции роз Эдуарда Шеварднадзе. Михаил Саакашвили 22 января 2004 года объявил: «Грузия - это единая страна, а кто противится - пусть убирается из нее. Я наведу порядок в стране, в том числе и в Аджарии. Никакой агрессии в отношении аджарских властей нет и не будет, но одно должны понять все - каждый квадратный сантиметр грузинской земли будет под контролем».

Весной 2004 года политико-административный конфликт вокруг Аджарской Автономной Республики достиг своего пика, завершившись свержением правящего там режима Абашидзе и подчинением автономии властям из Тбилиси.

Квициани 22 июля 2006 года поднял в Кодорском ущелье мятеж против грузинского правительства, потребовав отставки руководителей силовых ведомств, в ответ на что грузинское руководство начало «полицейскую спецоперацию». В регион были введены грузинские войска, которые быстро установили контроль над всем Кодорским ущельем.

За время правления Михаила Саакашвили российско-грузинские отношения достигли самой низкой отметки за всю историю Грузии. Начиная с весны 2004 года, Саакашвили делал резкие заявления, обвиняя Россию в попустительстве сепаратистским устремлениям властей Южной Осетии и Абхазии, не желающим урегулировать отношения с Грузией.

Обвиняя Россию в пристрастности, Саакашвили выражал желание заменить российский миротворческий контингент войсками НАТО или, по крайней мере, дополнить российские войска подразделениями других стран СНГ - например, Украины. По мнению России, однако, это может привести к развитию ситуации по «косовскому сценарию», этническим чисткам и обострению вооруженных конфликтов.

Зимой 2005 года грузинские власти выступили с требованием немедленно вывести российские войска из городов Ахалкалаки и Батуми. В марте 2005 года парламент Грузии принял резолюцию, согласно которой российские войска должны покинуть территорию Грузии не позднее 1 января 2006 года. Саакашвили 26 января 2006 года подписал указ о выходе Грузии из «Совета министров обороны стран СНГ».

В России 27 марта был введен запрет на импорт грузинских вин и минеральных вод, а 14 июня в Константиновском дворце Санкт-Петербурга состоялась полуторачасовая встреча Саакашвили с Путиным, по итогам которой Саакашвили заявил, что настроен на мирный диалог в вопросе урегулирования конфликтов, прежде всего с участием России.

Президент России Дмитрий Медведев 17 февраля 2010 года назвал Саакашвили персоной нон грата для России. Грузинский государственный и политический деятель Нино Бурджанадже заявила, что ответственность за события войны 2008 года лежит на Саакашвили.