Второй террористический акт в Бакинском метро произошел 3 июля 1994 года. В 8:30 утра, во втором вагоне электропоезда, следовавшего от станции «28 мая» до «Гянджлик», взорвалась бомба. Сразу после этого вагоны электропоезда мгновенно вспыхнули. В результате теракта погибли 13 человек, еще 58 пассажиров получили ранения различной степени тяжести.

Первый теракт в Бакинском метро произошел 19 марта 1994 года на станции «20 января». Самодельная бомба с часовым механизмом взорвалась в головном вагоне поезда в тот момент, когда состав остановился на станции. В ходе террористического акта погибли 14 человек, еще 49 были ранены. Исполнитель теракта Октай Гурбанов погиб при взрыве. Среди погибших был азербайджанский джазовый музыкант, Народный артист Азербайджана Рафик Бабаев. От взрыва частично обрушился потолок станции метро.

По факту организации взрыва в электропоезде между станциями «Гянджлик» и «28 мая» в Москве был арестован Азер Асланов, которого 29 ноября 1997 года экстрадировали в Азербайджан. В 1998 году гражданин Азербайджана Асланов показал, что указание провести теракт он получил, находясь в армянском плену, от публициста Зория Балаяна. Суд приговорил террориста к пожизненному заключению. Следствие установило, что инструкторами были сотрудники органов спецслужб Армении полковник Карен Багдасарян и капитан Сейран Саркисян.

Ссылаясь также на показания Асланова, постановлением азербайджанского суда также было возбуждено уголовное дело в отношении Балаяна, а в 1999 году, на основе представления Генеральной прокуратуры Азербайджана, Интерпол объявил публициста в международный розыск как особо опасного преступника, а затем прокуратура Азербайджана объявила его в межгосударственный розыск в странах СНГ.

В 2001 году Интерпол, рассмотрев вопрос, исключил Балаяна из списка разыскиваемых лиц. Генеральный секретарь Интерпола Рональд Нобл отметил, что дело «имеет преобладающий политический характер» и подпадает под статью 3 Устава Интерпола, запрещающая организации «осуществлять какое-либо вмешательство или деятельность политического, военного, религиозного или расового характера». Генеральная прокуратура России, рассмотрев дело Балаяна, и по результатам проверки направила в МВД России поручение о прекращении розыска писателя на территории Российской Федерации.