Первое наводнение в Петербурге произошло 30 августа 1703 года, через три месяца после закладки города. За считанные часы вода поднялась на 2 метра, стремительно затопив Заячий остров и унесла часть леса, необходимого для возведения Петропавловской крепости. После этого Петр I распорядился о проведении необходимых мер безопасности.

Власти всегда пытались предупредить петербуржцев о надвигающейся опасности. За всю свою историю Санкт-Петербург около трехсот раз становился жертвой катастрофических наводнений. Они происходили практически ежегодно, но большая часть приходилась на конец осени. Петр I издал Указ, гласивший: «Как вода начнет прибывать, то весь рогатый скот и лошадей отсылать в лес».

Екатерина II велела отмечать уровень воды, а дома строить на фут выше. В случае наводнения людей оповещали пушечными выстрелами из Подзорного дома, Галерной гавани, Адмиралтейства, а также барабанным боем, звоном колоколов. На шпицах вывешивались красные флаги днем и фонари ночью. В 1897 году была создана «Служба предупреждения наводнений на Неве» при Главной физической обсерватории.

Ученые установили, что наводнения связаны с циклонами, ветры которых сгоняют балтийскую воду к «горлу» Финского залива, образуя незаметную вначале волну. Когда эта волна начинает двигаться к берегу и выходит на мелководье, ее высота начинает быстро расти. Уровень воды в Неве стремительно поднимается, и в город приходит очередное наводнение. Наиболее катастрофические наводнения случились в городе в 1777, 1824 и 1924 годах. Во время первого вода уничтожила все фонтаны Летнего сада и многие деревянные дома.

Второе наводнение описал Александр Пушкин в своем «Медном всаднике»: «Нева вздувалась и ревела, Котлом клокоча и клубясь, И вдруг, как зверь остервенясь, На город кинулась». А 23 сентября 1924 года река затопила Летний сад, Дворцовую и Исаакиевскую набережные, Марсово поле, прилегающие к ним улицы и переулки. Под водой оказались Васильевский остров, Петроградская сторона, почти весь центр города. Потери были огромны: вода снесла 19 мостов, повредила более 5000 домов, много людей погибло.