Народный комиссар обороны СССР маршал Климент Ворошилов 29 марта 1940 года подписал приказ о создании Военной академии командно-штурманского состава ВВС, которая в 1968 году была переименована в Военно-воздушную академию имени Юрия Гагарина.

Создание Военно-воздушной академии командного и штурманского состава ВВС Красной Армии явилось одним из важных шагов, направленных на укрепление обороноспособности Советского государства в условиях начавшейся Второй мировой войны. Академия представляла собой первое в мировой практике высшее военно-учебное заведение, предназначенное для подготовки руководящих командных кадров летной специальности.

Местом расположения академии был выбран находящийся в Подмосковье поселок Монино. Строительные работы по развертыванию здесь авиационного гарнизона начались еще в 1929 году и продолжались в 1930-е годы. Формирование академии велось в сжатые сроки. Особое значение придавалось разработке организационной структуры академии, формированию аппарата управления, подбору и расстановке кадров.

Первым начальником Военно-воздушной академии командного и штурманского состава ВВС Красной Армии был назначен генерал-майор авиации Зиновий Максимович Померанцев, участник Гражданской войны, боевой летчик, выпускник Военной академии Красной Армии имени Фрунзе, до этого возглавлявший Военно-воздушную академию имени профессора Жуковского. Военным комиссаром новой академии стал дивизионный комиссар Михаил Иванович Изотов, участник Гражданской войны, воспитанник Военно-политической академии имени Ленина.

Продолжительность обучения на командном и штурманском факультетах составляла три, а на заочном - четыре года. Поступающие в академию командиры должны были иметь среднее общее и военное либо военно-авиационное образование, трехлетний стаж в командной должности, положительную аттестацию, а также подходить по состоянию здоровья для летной службы. Абитуриенты сдавали вступительные экзамены в объеме программы общей и военной школы.

В августе-сентябре 1940 года приемная комиссия академии произвела набор слушателей на первые курсы командного, штурманского и заочного факультетов. За выдающиеся успехи в подготовке высококвалифицированных кадров Военно-воздушная академия была награждена двумя советскими и семью иностранными орденами.

Распоряжением правительства Российской Федерации №283-р от 7 марта 2008 года путем слияния Военно-воздушной академии имени Гагарина с Военно-воздушной инженерной академией имени профессора Жуковского была образована Военно-воздушная академия имени профессора Жуковского и Гагарина.

В настоящее время Военно-воздушная академия является одним из ведущих военных учреждений профессионального образования в области подготовки военных кадров высшего звена для Военно-воздушных сил. Она готовит авиационные кадры для назначения на должности командиров и начальников штабов авиационных частей и соединений, частей авиационного тыла, связи и радиотехнического обеспечения, старших штурманов авиационных частей и соединений, офицеров штабов авиационных объединений.