Санкт-Петербургский ботанический сад основан 22 февраля 1714 года по указу Петра I как Аптекарский огород с научными, учебными и практическими целями. Аптекарские сады устраивались в России уже со времен царя Михаила Федоровича для содержания аптек казенных и полевых. При Алексее Михайловиче было 3 аптекарских сада.

Первый подобный сад в Санкт-Петербурге был разведен на нынешней Большой Охте, близ развалин крепости Ниеншанц. Существовали Аптекарские огороды на Мойке. Петр I повелел учредить Аптекарский сад на острове Вороньем, расположенном вблизи города. В связи с этим впоследствии остров стал называться Аптекарским. Главная цель сада состояла в разведении лекарственных трав. Постепенно территория сада расширялась за счет покупки и присоединения к нему отдельных участков.

При Екатерине II сад имел в длину 300, а в ширину 200 саженей, то есть 640 на 425 метров, был построен большой деревянный дом, в котором жил профессор ботаники, а летом президент Медицинской коллегии. В то время здесь усердно разводили «тунгусский чаек». Считалось, что это прекрасное потогонное средство при простудных и лихорадочных болезнях.

Сад находился всегда в тесной связи с врачебными учебными заведениями столицы, служа им пособием при преподавании. Здесь читали лекции ботаники: Буксбаум - первый ботаник-специалист, управлявший садом, совершивший несколько экскурсий по России и обогативший аптекарские питомники первыми редкими видами русских растений, Фишер, Зигебек, Рудольф, Стефан. Они же и управляли садом.

В соседстве с Садом было открыто училище для детей канцелярских служителей Медицинской коллегии, первым директором которой был штаб-лекарь Парпура, под ведением которого находилась также вновь учрежденная медицинская типография.

В 1823 году Аптекарский сад был реорганизован в ботанический, а с 1934 года стал научным отделением Ботанического института имени Комарова РАН. Сегодня площадь сада составляет 22,6 гектар, включая 16 гектар парка-дендрария. Коллекция насчитывает свыше 80 тысяч образцов. Экспозиция музея посвящена растительности Земли, истории и эволюции растений, растительным ресурсам России, взаимоотношениям растений и человека.