Постановлением Совета Министров РСФСР от 11 июня 1980 года на юго-восточном побережье крупнейшего пресноводного водоема Европы - Ладожского озера в Ленинградской области был создан Нижне-свирский государственный природный заповедник. Ранее здесь был заказник, но ученые разных специальностей комплексными исследованиями обосновали необходимость организации заповедника. Непосредственное участие в его организации приняли Феликс Штильмарк и Анатолий Шалыбков.

Территория заповедника отнесена к водно-болотным угодьям международного значения в качестве гнездовых местообитаний и пролетных скоплений водоплавающих птиц. В его создании участвовали сотрудники Биологического научно-исследовательского института Ленинградского Университета, Зоологического и Ботанического институтов АН СССР, лаборатории аэрометодов производственного геологического объединения «Аэрогеология» и другие.

Основная причина организации заповедника - необходимость охраны богатой фауны с представителями редких видов уникального водоема Ладоги, его побережий, окружающих лесов среднетаежного типа и болот, мест стоянок перелетных птиц на трассе беломоро-балтийского пролетного пути, мест нереста рыб.

Природа этого края значительно пострадала во время Великой Отечественной войны, позже - от стихийных бедствий и многочисленных пожаров, большинство которых возникло по вине людей. Вырубался лес на хозяйственные нужды. Негативно влияли на животный и растительный мир этих мест и беспорядочные посещения туристов, рыболовов, грибников, ягодников.

После создания заповедника возросло количество бобровых поселений, увеличилась численность серых журавлей, а на внутренних озерах стали встречаться серые гуси, исчезнувшие в 1960-х годах.