Термин микроб был предложен 26 февраля 1878 года французским филологом Эмилем Литтре по просьбе учёного Шарля-Эммануэля Седийо дать подходящее название микроорганизмам. Термин был введен для группы живых организмов, которые слишком малы для того, чтобы быть видимыми невооруженным глазом.

Характерный размер микроорганизмов - менее 0,1 миллиметра. В их классификацию входят как безъядерные - прокариоты: бактерии, археи, так и эукариоты: некоторые грибы, протисты, но не вирусы, которые обычно выделяют в отдельную группу, и не прионы.

Большинство микроорганизмов состоят из одной клетки, но есть и многоклеточные микроорганизмы, точно так же, как существуют одноклеточные микроорганизмы, видимые невооружённым глазом, например Thiomargarita namibiensis, представители рода Caulerpa. Изучением этих организмов занимается наука микробиология.

Повсеместная распространённость и суммарная мощность метаболического потенциала микроорганизмов определяют их важнейшую роль в круговороте веществ и поддержании динамического равновесия в биосфере Земли.

Краткое рассмотрение различных представителей микромира, занимающих определённые «этажи» размеров, показывает, что, как правило, величина объектов определённо связана с их структурной сложностью. Нижний предел размеров свободноживущего одноклеточного организма определяется пространством, требуемым для упаковки внутри клетки аппарата, необходимого для независимого существования.

Ограничение верхнего предела размеров микроорганизмов определяется, по современным представлениям, соотношениями между клеточной поверхностью и объёмом. При увеличении клеточных размеров поверхность возрастает в квадрате, а объём - в кубе, поэтому соотношение между этими величинами сдвигается в сторону последнего.