В Республике Колумбия, 20 октября 1899 года началась тысячедневная война гражданская война между сторонниками консервативной и либеральной партий. Стартом к противостоянию послужило восстание либералов в департаменте Сантандер. Итогом гражданской войны стало провозглашение независимости Панамы.

Повстанцы рассчитывали на прибытие подкреплений из Венесуэлы. Посланные на подавление восстания войска не прибыли к месту назначения, отказавшись получать жалование в «билетах», которые правительство использовало из-за тяжелой экономической ситуации.

Консерваторы смогли 24 октября 1899 года нанести первое поражение либералам в сражении на реке Магдалена, но их положение оставалось достаточно тяжелым. Среди консерваторов произошел раскол на две фракции, получивших названия исторической и национальной.

Либералы под командованием Рафаэля Урибе Урибе 15 декабря 1899 года одержали победу над консерваторами у Пералонсо. Однако весной в битве у Палонегро правительственные войска нанесли тяжелое поражение либералам, после чего восставшие перешли к партизанской войне в сельскохозяйственных районах страны.

После Палонегро либералы разделились на фракции пацифистов и сторонников продолжения войны. К прекращению войны, которая теперь велась преимущественно в Панаме и на побережье Карибского моря, стала склоняться национальная фракция консерваторов.

Переворот, в результате которого новым президентом страны вместо Санклементе стал генерал Хосе Мануэль Маррокин, произошел 31 июля 1900 года. В ответ на это либералы выдвинули в президенты Габриэля Сантоса. Вопреки ожиданиям некоторых консерваторов, Маррокин отказался начать переговоры с мятежниками.

В 1901 году либералы, возглавляемые генералом Бенхамином Эррерой, нанесли поражение консерваторам в битве у Агуадульсе, однако изменить общий ход войны это не позволило. Бои в Панаме продолжались до ноября, когда в конфликт вмешались США, направившие флот для защиты своих интересов в строительстве Панамского канала. Повстанцы Эрреры были вынуждены сложить оружие.

На борту американского линейного корабля «Висконсин» 21 ноября 1902 года было подписано окончательное перемирие завершившее тысячедневную гражданскую войну в Колумбии. Либералов представляли генерал Лукас Кабальеро Баррера и полковник Эусебио Моралес, представитель Бенхамина Эрреры, а консерваторов - генерал Альфредо Васкес Кобо и генерал Виктор Салазар, губернатор департамента Панама.

Тысячедневная война стала одной из самых жестоких и кровопролитных в истории Южной Америки, общее число погибших в ней оценивается в 100-130 тысяч человек. Экономике Колумбии был нанесен огромный ущерб.