Государственная пограничная комиссия является координационным органом, обеспечивающим целенаправленную совместную деятельность федеральных органов государственной власти, органов государственной власти субъектов Российской Федерации, органов местного самоуправления, организаций и общественных объединений при формировании и реализации пограничной политики Российской Федерации.

Основным направлением деятельности Комиссии является создание необходимых условий для формирования пограничной политики Российской Федерации и ее реализации при осуществлении внешнеполитической, экономической, военной, социальной, финансовой и иной деятельности государства.