ЗАО «Геленджикский морской порт» находится в Геленджикской бухте и расположен в 2 милях к ESE от бухты Рыбацкая, вдается в берег между мысом Тонкий и отстоящим от него на 1 милю мысом Толстый. В настоящее время морской порт является портом международного сообщения с круглосуточным графиком работы. Наличие речных долин, прорезающих горные хребты, создает условия для возникновения местных сильных северо-восточных ветров «бора». 

Морской порт Геленджик не является портом убежища. Южным и северным направлениям ветров, которые здесь бывают довольно сильными, бухта открыта. Навигация в морском порту осуществляется круглогодично, морской порт осуществляет работу круглосуточно, имеет грузопассажирский постоянный многосторонний пункт пропуска через госграницу РФ.

Морской порт осуществляет операции с генеральными грузами, за исключением опасных грузов всех классов опасности. В порту осуществляют все виды снабжения судов, буксирное обеспечение судов. Обеспечение движения судов осуществляется СУДС порта Новороссийск. Работа службы Капитана морского порта направлена на выполнение мероприятий по обеспечению устойчивой работы порту, постоянный контроль за выполнением мероприятий в компаниях и на судах.