Пеньков Максим Михайлович - Начальник академии, генерал-майор

Кулешов Юрий Владимирович - Заместитель начальника академии по учебной и научной работе, генерал-майор

Чистяков Сергей Владимирович - Заместитель начальника академии, генерал-майор

Шалонов Евгений Владимирович - Заместитель начальника академии по работе с личным составом, начальник отдела, полковник

Казаков Руслан Рамисович - Заместитель начальника академии по материально-техническому обеспечению, начальник отдела, полковник

Факультет конструкции летательных аппаратов:

Кафедра контроля качества и испытаний вооружения, военной и специальной техники
Кафедра космических аппаратов и средств межорбитальной транспортировки
Кафедра конструкции ракет-носителей
Кафедра стартовых и технических комплексов
Кафедра заправочного оборудования
Кафедра навигационно-баллистического обеспечения применения космических средств и теории полёта летательных аппаратов

Факультет систем управления ракетно-космических комплексов и информационно-технического обеспечения:

Кафедра автономных систем управления
Кафедра бортового электрооборудования и энергетических систем летательных аппаратов
Кафедра управления организационно-техническими системами космического назначения
Кафедра информационно-вычислительных систем и сетей
Кафедра бортовых информационных и измерительных комплексов
Кафедра автоматизированных систем подготовки и пуска ракет космического назначения
Кафедра математического и программного обеспечения

Факультет радиоэлектронных систем космических комплексов:

Кафедра передающих, антенно-фидерных устройств и средств СЕВ
Кафедра космических радиотехнических систем
Кафедра космической радиолокации и радионавигации
Кафедра телеметрических систем и комплексной обработки информации
кафедра сетей и систем связи космических комплексов
Кафедра приёмных устройств и радиоавтоматики
Кафедра комплексов и средств информационной безопасности

Факультет инженерного и электромеханического обеспечения:

Кафедра эксплуатация и проектирование зданий и сооружений
Кафедра эксплуатация технических систем и систем жизнеобеспечения наземных и подземных сооружений РКК
Кафедра теплогазоснабжение и вентиляция
Кафедра эксплуатация средств электроснабжения объектов специального назначения

Факультет сбора и обработки информации:

Кафедра оптико-электронных средств контроля
Кафедра технологий и средств геофизического обеспечения войск
Кафедра космического радиоэлектронного контроля

Факультет специальных информационных технологий:

Кафедра систем сбора и обработки информации
Кафедра инженерного анализа
Кафедра информационно-аналитической работы
Кафедра предметно-методическая комиссия «Психологии и педагогики»

Факультет топогеодезического обеспечения и картографии:

Кафедра топогеодезического обеспечения
Кафедра картографии
Кафедра высшей геодезии
Кафедра фототопографии фотограмметрии

Факультет средств ракетно-космической обороны:

Кафедра средств предупреждения о ракетном нападении
Кафедра средств противоракетной обороны
Кафедра средств контроля космического пространства
Кафедра тактики частей и подразделений ракетно-космической обороны

Факультет автоматизированных систем управления войсками:

Кафедра системного анализа и математического обеспечения АСУ (войсками)
Кафедра технологий и средств технического обеспечения и эксплуатации АСУ (войсками)
Кафедра технологий и средств комплексной обработки и передачи информации в АСУ (войсками)
Кафедра АСУ космических комплексов
Кафедра АСУ противоракетной обороны
Кафедра метрологического обеспечения вооружения, военной и специальной техники

Специальный факультет - Подготовка иностранных военнослужащих

Факультет переподготовки и повышения квалификации - Переподготовка и повышение квалификации военнослужащих и гражданских специалистов МО РФ

Факультет среднего профессионального образования - Подготовка специалистов по избранной специальности с квалификацией «техник», срок обучения 3 года

Военный институт (научно-исследовательский)

Магистратура (офицерские курсы)