Сергей Бабурин родился 31 января 1959 года в городе Семипалатинск, Республика Казахстан. Вырос в семье Бабуриных Николая Наумовича и Валентины Николаевны. Отец Сергея был учителем, а мать работала врачом. С самого детства отличался разносторонностью интересов и желанием познавать и учиться. Кроме обычной школы учился в художественной, со школьных лет начал работать плотником-бетонщиком на местном предприятии.
Учился в Омском государственном университете. Бабурина призвали на военную службу. Окончив службу, он оказался в составе ограниченного контингента советских войск в Афганистане, где принимал участие в боевых действиях Советской Армии. По окончанию службы Сергей получил медаль «Воину интернационалисту от благодарного афганского народа» и знак отличия «За заслуги в пограничной службе». По завершении службы отправился в город Санкт-Петербург учиться в аспирантуре.
В 1986 году окончил аспирантуру и на следующий год защитил кандидатскую диссертацию «Политико-правовое учение Георга Форстера». После окончания аспирантуры на время остался работать в Омском университете в качестве заместителя декана юридического факультета, а в 1988 году возглавил факультет.
Баллотировался в народные депутаты СССР в 1989 году, однако его кандидатура решением окружной избирательной комиссии не была зарегистрирована. В следующем году был избран народным депутатом РСФСР от Советского территориального округа № 539, город Омск. На I съезде народных депутатов России избран членом Совета Республики Верховного Совета.
В 1991 году выдвинут на пост председателя Верховного Совета РСФСР. В 1991 году стал членом Верховного Совета РСФСР Бабуриным. По инициативе народных депутатов России был создан Российский общенародный союз.
На VI съезде народных депутатов России в апреле 1992 года вместе с В.Б. Исаковым, М.Г. Астафьевым, Н.А. Павловым и другими возглавил оппозиционный блок фракции «Народное единство». В декабре 1993 года избран в Государственную Думу первого созыва по Центральному избирательному округу № 130 Омской области. Создал депутатскую группу «Российский путь».
С 18 июля 1995 года состоял в предвыборном блоке «Власть народу!». Избран депутатом Госдумы второго созыва. Участник Конгресса патриотических сил «Русский рубеж». В феврале следующего года стал заместителем председателя Государственной думы Федерального собрания РФ. Затем избран заместителем председателя Парламентского Собрания Союза Белоруссии и России.
Сопредседателем внефракционного объединения депутатов Госдумы РФ «Анти-НАТО», председателем комиссии «Анти-НАТО» Госдумы РФ стал в 1997 году. В следующем году успешно защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора юридических наук.
В 1999 году баллотировался в Государственную думу третьего созыва от «Российского общенародного союза». С января 2000 года преподавал на юридическом факультете Омского государственного университета.
Председателем партии национального возрождения «Народная воля» являлся с 2001 года. В августе 2002 года стал ректором Российского государственного торгово-экономического университета. Занимал пост до 25 декабря 2012 года.
С марта 2004 года являлся заместителем председателя Государственной Думы. Через три года, с декабря 2007 года, после избрания нового состава Государственной думы РФ, к участию в выборах которой его партия не была допущена Избиркомом РФ, вернулся на пост ректора Российского государственного торгово-экономического университета. Возглавляет Международную ассоциацию торгово-экономического образования, МАТЭО.
Президентом Ассоциации юридических вузов избран 15 апреля 2011 года. В декабре того же года состоялся съезд общественно-политического движения «Российский общенародный союз», на котором было принято решение о его преобразовании в политическую партию. Председателем партии на съезде избран Бабурин.
В декабре 2017 года съезд партии «Российский общенародный союз», прошедший в городе Москва, единогласно выдвинул Сергея Николаевича Бабурина кандидатом в Президенты РФ на выборах 2018 года. Зарегистрирован в качестве кандидата Центральным избирательным комитетом 7 февраля 2018 года.
Президент Международной Славянской академии наук, образования, искусств и культуры. Удостоен звания Заслуженный деятель науки РФ.