Руководитель секретариата заместителя председателя Совета Безопасности России. Ранее занимал должность заместителя министра экономического развития России. Являлся министром по делам Северного Кавказа, а также заместителем начальника Управления Администрации Президента России по межрегиональным и культурным связям с зарубежными странам.
Сергей Чеботарев родился 14 октября 1969 года в поселке Магдагачи, Амурская область. Окончив в 1984 году среднюю школу №4, на протяжении двух лет являлся курсантом Уссурийского суворовского военного училища. В 1990 году окончил Дальневосточное высшее общевойсковое командное училище. С 1990 по 1998 год служил в пограничных войсках на российской военной базе в Бамборе, Гудаутского района Республики Абхазии.
Демобилизовавшись в 1998 году Сергей Викторович шесть лет занимался научной и преподавательской деятельностью в учебных заведениях Москвы.
С 2004 года в течении двенадцати лет Чеботарев работал на различных должностях в Администрации Президента Российской Федерации. В 2006 году Сергей Викторович назначен начальником департамента в Управлении Президента РФ по межрегиональным и культурным связям с зарубежными странами. С осени 2011 по весну 2012 года курировал ход президентских выборов в Республике Южная Осетия.
В июне 2012 года Сергей Чеботарев занял пост заместителя начальника управления. В Администрации главы государства курировал отношения с Арменией, Грузией, Азербайджаном, Абхазией и Южной Осетией. В марте 2014 года включен в состав Межведомственной комиссии по подготовке и проведению международных экономических форумов.
Указом Президента Российской Федерации от 18 мая 2018 года Чеботарев Сергей Викторович назначен на должность Министра по делам Северного Кавказа, сменив на посту Льва Кузнецова.
Распоряжением Правительства Российской Федерации с 8 февраля 2020 года Сергей Викторович Чеботарев занял должность заместителя Министра экономического развития России Максима Геннадьевича Решетникова.
Указом Президента России Владимира Путина 11 марта 2020 года Сергей Чеботарев назначен руководителем секретариата заместителя председателя Совета Безопасности РФ.
Благодарность Президента Российской Федерации (27 января 2010) - за заслуги в развитии международного сотрудничества и укреплении дружбы между народами
Жена - Жанна, по профессии учительница.
Воспитали двоих детей.
Старший сын - Никита (род. 1994), окончил Высшую школу экономики, работает программистом.