Михаил Черников родился 11 января 1974 года в городе Ачинск, Красноярский край. В 1995 начал службу в органах внутренних дел в должности госавтоинспектора дорожного надзора ОГАИ УВД Ачинска. С 1996 по 2003 годы проходил службу в различных подразделениях УВД расположенного в городе Ачинск, занимая должности от командира роты ДПС до начальника отдела ГИБДД.
С 2003 года, являясь заместителем начальника управления, Михаил Юрьевич Черников возглавлял отдел кадров, позднее милицию общественной безопасности УВД города Ачинска и Ачинского района.
С мая 2006 года Михаил Черников руководил Управлением ГИБДД ГУВД Красноярского края. В 2011 году Михаил Юрьевич назначен на должность заместителя начальника ГУ МВД по Ставропольскому краю, а с февраля 2015 года возглавил УМВД России по Хабаровскому краю.
Указом Президента Российской Федерации от 17 июня 2017 года генерал-майор полиции Михаил Юрьевич Черников назначен на должность начальника Главного управления по обеспечению безопасности дорожного движения Министерства внутренних дел РФ.
Михаил Черников является мастером спорта СССР по гиревому спорту, кандидатом в мастера спорта по дзюдо.
Женат, воспитывает двоих детей.