Джеффри Коннор Холл родился 3 мая 1945 года в городе Нью-Йорк, США. С 1963 года учился в Амхерстском колледже в городе Массачусетс. Однако увлекся генетикой и перешел в Вашингтонский университет в городе Сиэтл. В 1971 году Холл получил ученую степень доктора философии в области генетики в Вашингтонском университете.
С 1971 по 1973 года работал в Калифорнийском технологическом институте в городе Пасадена. В 1974 году перешел в исследовательский Университет Брандейса в городе Уолтхам.
С 2002 года деятельность ученого связана с Университетом штата Мэн. В следующем году вошел в состав Американской национальной академии наук. Член Американской академии искусств и наук.
В 2017 году 2 октября Джеффри Холлу присудили Нобелевскую премию по физиологии и медицине за изучение молекулярных механизмов, регулирующих циркадные ритмы организма, так называемых клеточных часов.
В лаборатории М. Розбаша и Холла исследованы и гены дрозофил, связанных с циркадными ритмами, - cycle и clock. В дальнейшем изучение генетической основы циркадных ритмов было продолжено. В результате сформировали модель транскрипционно-трансляционной осцилляции, то есть ритмически изменяющейся экспрессии генов. Ученые разобрались в механизме циркадных ритмов и выявили гены, которые регулируют этот процесс.
Джеффри Холл удостоен Американской медали по генетике. Является Лауреатом премии Фонда Питера и Патриции Грубер.