Джонатан Бэнкс родился 31 января 1947 в городе Вашингтон, США. Его мать – сотрудница ЦРУ.
Актер учился в Индианском университете в Блумингтоне, где его сокурсником был знаменитаый актер Кевин Кляйн. Друзья заинтересовались драматическим искусством и занимались постановкой пьесы «Трёхгрошовая опера» на сцене студенческого театра. Бэнкс бросил университет Индианы для участия в гастролях с труппой режиссёра. С постановочной труппой он приехал в Австралию и остался работать в театре. В 1974 году он переехал в Лос-Анджелес, где зарабатывал на жизнь, выискивая и исполняя эпизодические роли на телевидении.
Известность Джонатану принесло исполнение роли в двух фильмах с Эдди Мёрфи - «Сорок восемь часов» и «Полицейский из Беверли-Хиллз». В первом из них Бэнкс сыграл персонажа, являющегося другом главного героя и убитого злодеем. В фильме «Полицейский из Беверли-Хиллз» Бэнкс играет злодея, убивающего друга главного героя. Другими его ролями стали съёмки в фильмах «Вооружён и опасен», «Корпорация „Бессмертие“», «Флиппер», «Аэроплан!», «Гремлины», «Убей меня, убей себя», «Френсис» и «В осаде 2: тёмная территория» и фильм «Пуля» с Денни Трехо.
Прорывом в телесъёмках для Бэнкса стало участие в сериале «Умник», где он в течение четырёх лет играл Фрэнка Макпайка, что привело его к номинации на премию Эмми. В 1981 году он снялся в роли голландца Шульца в сериале «Гангстерские хроники» телеканала NBC. Также Бэнкс исполнил главную роль в непродолжительном научно-фантастическом телесериале «Иное».
Бэнкс также снялся в телесериалах «Шпионка», CSI, «Новый день», «Горец», «Мэтлок», «Подводная одиссея», «Звёздный путь: Глубокий космос 9», Women of the House», «Крутой Уокер: правосудие по-техасски», «Декстер», «Скорая помощь», «Детектив Раш», «Акула», «Американская семейка», «C.S.I.: Место преступления Майами», «Обмани меня» и «Два с половиной человека» и «Во все тяжкие». С 2015 года играет одну из главных ролей в сериале Лучше звоните Солу, который является спин-оффом сериала «Во все тяжкие». Также актер снялся в фильме «пассажир», который вышел в прокат в 2018 году.
У Джонатана есть внебрачная дочь. В 1968 году его супругой стала женщина по имени Марни, но спустя два года они расстались. В декабре 1990 года актер оформил свои отношения с Дженнерой Бэнкс, и она до сих пор сопровождает его на всех светских мероприятиях.