C 1988 года служил на Байконуре, был главным энергетиком, затем начальником группы Главного военно-строительного управления Министерства обороны СССР в городе Ленинске Казахской ССР. С 1988 года по 1990 год был начальником группы отдела эксплуатации НИИ Министерства обороны СССР в Ленинграде. В 1989 году избирался народным депутатом Ленинградского областного Совета. В 1990 году стал депутатом Ленинградского областного Совета народных депутатов, член малого совета.

С 1993 года по 1995 год Федоров стал депутатом Государственной Думы Федерального Собрания РФ первого созыва, председатель подкомитета по экономической безопасности Государственной Думы. С 1996 года по 1997 год являлся заместителем начальника Департамента страхового надзора Министерства финансов РФ. Последующий год был заместителем Руководителя аппарата Совета обороны при Администрации Президента РФ. По 2001 год был заместителем министра РФ по атомной энергии.

    С 2001 года по 2003 год являлся советником председателя Высшего совета Всероссийской политической партии «Единая Россия». С 2003 года по 2007 год был депутатом Государственной Думы ФС РФ четвертого созыва, член Генерального совета партии «Единая Россия». С 2003 года член фракции «Единая Россия».

В апреле 2005 года Евгений Алексеевич стал заместителем председателя Комитета Государственной Думы по бюджету и налогам, член рабочей (трехсторонней) группы по совершенствованию межбюджетных отношений в РФ, член Комиссии Государственной Думы по рассмотрению расходов федерального бюджета. В ноябре 2006 года- председатель Комитета Государственной Думы по экономической политике, предпринимательству и туризму, член Комиссии ГД по реализации ежегодных посланий Президента РФ Федеральному собранию РФ.

В 2006 году окончил государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Северо-Западная академия государственной службы". Следом, негосударственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Санкт-Петербургская юридическая академия". Кандидат экономических наук.

В декабре 2007 года был избран депутатом Государственной Думы Федерального Собрания РФ пятого созыва. Председатель Комитета Государственной Думы РФ по экономической политике и предпринимательству. В 2011 году, 4 декабря был избран депутатом Госдумы VI созыва. Член Комитета Государственной Думы по бюджету и налогам. Имеет более 40 авторских свидетельств и патентов на изобретения. Действительный государственный советник РФ.

На выборах 18 сентября 2016 года Федоров Евгений Алексеевич был избран Депутатом Государственной Думы VII созыва в составе федерального списка кандидатов, выдвинутого Всероссийской политической партией «Единая Россия». Член фракции «Единая Россия». Член комитета ГД по бюджету и налогам. Дата начала полномочий: 5 октября 2016 года.