Евгений Ивахненко родился 5 июня 1958 года в городе Камышин, Волгоградская область. В 1975 году выпустился из местной средней школы № 8. В 1979 году окончил Камышинское высшее военное строительное командное училище с золотой медалью по специальности «Инженер-энергетик», после чего до 1987 года служил в различных должностях при училище.

В 1987 году Евгений был назначен заместителем командира войсковой части на строительстве космодрома «Байконур». В 1988 году с отличием окончил философский факультет Киевского государственного университета по специальности «Философ. Преподаватель философии». В декабре 1989 года уволился из Вооруженных Сил СССР в звании майора.

За годы службы Евгений Николаевич был награжден медалью «За безупречную службу» - Медаль III степени за 10 лет безупречной службы, медалью Министерства обороны Российской Федерации «Генерал армии Комаровский», юбилейной медалью «70 лет Вооруженных Сил СССР», знаком отличия офицеров воинских формирований строительства и расквартирования войск ВС РФ и другими наградами.

С 1990 года по 2003 год Ивахненко Евгений работал в Кабардино-балкарском государственном университете на должностях: лаборанта, ассистента, старшего преподавателя, доцента, профессора кафедры философии. В 1991 году после окончания аспирантуры в Киевском государственном университете защитил кандидатскую диссертацию «Идея вечного мира в западноевропейской философии Нового времени. XVII-XVIII вв.» по специальности: 09.00.03 - история философии.

 В 1999 году в Российском государственном педагогическом университете имени Александра Ивановича Герцена защитил докторскую диссертацию «Основные конфронтации русских религиозно-философских и политических течений. XI-XX в.» по специальности: 09.00.03 - история философии. В 2002 году Евгению Николаевичу было присвоено звание профессора.

С 2003 года Ивахненко становится профессором кафедры современных проблем философии, а с 2005 года - профессором кафедры социальной философии Российского государственного гуманитарного университета. С 2005 года - руководитель магистерских программ философского факультета РГГУ, в том числе международной российско-французской магистерской программы «Историко-философские и социальные исследования».

С 2007 года по 2016 год Евгений Николаевич заведовал кафедрой социальной философии философского факультета РГГУ. Одновременно с того же года следующие пару лет возглавлял Отдел магистерских программ РГГУ. С 2012 года по совместительству был главным научным сотрудником Центра стратегии развития образования и организационно-методической поддержки программ Федерального института развития образования.

В феврале 2016 года Ивахненко Евгений Николаевич, путем тайного голосования, был избран ректором Российского государственного гуманитарного университета. Аттестационная комиссия Министерства образования и науки РФ 2 марта утвердила его кандидатуру, подписав служебный контракт на пять лет. На этом посту он сменил Ефима Иосифовича Пивоварова, который занял должность президента вуза.

Так же Евгений Николаевич Ивахненко председатель Ученого совета РГГУ, председатель Правления Фонда управления целевым капиталом РГГУ, заведующий кафедрой социальной философии РГГУ. Преподает курсы: «Философия и методология науки», «Современные теории коммуникации», «Эпистемологические проблемы современных информационных теорий», «Концепции современного естествознания». 

Работает в составе двух диссертационных советов по защите докторских диссертаций: Д 212.198.05 - философские науки и Д 212.198.10 - социологические науки. Под руководством Ивахненко было защищено 9 кандидатских диссертаций.

    В 2017 году, 29 августа, в департаменте информационной политики Минобрнауки сообщили, что Ивахненко был уволен с поста ректора. Причину увольнения в ведомстве не уточняли. 

Является руководителем научно-педагогической школы «Аутопойезис коммуникации: проблема минимизации социальных рисков» на философском факультете РГГУ. Под его началом школа неоднократно получала грантовую поддержку исследований: Грант РГНФ - Конкурс поддержки молодых ученых, тема: «Аутопойезис коммуникации: минимизация социальных рисков»; Грант Фонда Темплтона - тема: «Наука и духовность» Междисциплинарного университета Парижа и Элтон Университета; Грант РГНФ - тема: «Роль религиозных предпосылок и ценностей в становлении и развитии социально-гуманитарного познания».

Евгений Николаевич Ивахненко специалист в области проблем высшего образования в России, социальных коммуникаций, философии образования и модернизации современного университета. Его основные научные результаты связаны с исследованием проблематики истории философии, эпистемологических проблем информационных теорий, социальной философии. Является автором более 120 научных публикаций, включая 3 монографии, главы в коллективных трудах, учебник и учебные пособия для высшей школы.

Входит в состав редакционных советов журналов «Высшее образование в России», «Вестник РГГУ» - Серия «Философия. Социология», «Информационное общество», «Актуальные вопросы современного естествознания. Межрегиональный сборник научных трудов».

Евгений Николаевич активно принимает участие в медиа-проектах. Неоднократно выступал и давал интервью в сети Интернет. Участвовал в телевизионной программе «Культурная революция» на канале «Культура». Выступал на радиостанциях: «Россия-24», «Голос России», «Радио России» и других.

В свободное время увлекается чтением художественной литературы, отдавая предпочтение Федору Достоевскому, Андрею Платонову, Роберту Музилю и Дж. Литтеллу. В поэзии выделяет Евгения Баратынского, Иосифа Бродского, Арсения Тарковского и Николая Иванова.