Евгений Краснояров родился 24 ноября 1939 года в поселке Холбон Шилкинского района Читинской области. Окончил Дальневосточное мореходное училище и заочное отделение Дальрыбвтуза, школу бизнеса при Портлендском университете, США. Был матросом, третьим, вторым и старшим помощником капитана, капитаном-директором большого рыболовецкого траулера.

С 1980 года - заместитель генерального директора объединения «Сахалинрыбпром», занимался вопросами внешнеэкономических связей и безопасности плавания. В 1988 году стал генеральным директором совместного российско-японского предприятия «Пиленга Годо», специализирующегося на разведении лососёвых рыб.

В апреле 1993 года назначен главой администрации Сахалинской области. Во время кризиса в октябре 1993 года, поддержал Президента Ельцина. В декабре 1993 года избран в Совет Федерации. При его активном участии была создана местная политическая организация «Партия экономического развития и социального партнёрства», в которую вошли многие известные промышленники и предприниматели Сахалинской области. Выступал против создания свободной экономической зоны на Сахалине.

В апреле 1995 года ушёл в отставку.

Награжден Орденом «Октябрьской революции» и Орденом «Трудового красного знамени».