Николай Малаков родился 10 апреля 1956 года в деревне Лахта, Архангельская область. После школы в 1978 году окончил Архангельский государственный технический университет по специальности «Автомобили и автомобильное хозяйство», после чего пару лет работал механиком гаража, а затем заместителем председателя правления по производству Вилегодского районного потребительского общества села Ильинско-Подомское Вилегодского района Архангельской области.

С 1982 года являлся председателем правления Карпогорского райпо, а с 1985 года стал заместителем председателя правления, первым заместителем председателя правления, председателем правления Архангельского Облрыболовпотребсоюза. В 1986 году окончил Московский кооперативный институт Центросоюза по специальности «Экономика торговли».

С 1996 в течении четырех лет занимал должности первого заместителя председателя правительства администрации Архангельской области, первого заместителя главы администрации - председатель правительства области Анатолия Ефремова. 

Далее Малаков Николай прошел профессиональную переподготовку, окончил Северо-западный институт управления Российской академии народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ. В том же году в Государственном университете управления защитил диссертацию на тему: «Организационно-экономические аспекты управления проектом реализации программы экономического подъема региона. На примере Архангельской области», получив ученую степень кандидата экономических наук.

С 1999 года Николай Алексеевич становится профессором, заведующим кафедрой «Государственное и муниципальное управление» Северного Арктического федерального университета. В декабре 2000 года баллотировался в губернаторы Архангельской области, но уступил действующему губернатору Анатолию Ефремову. В течение следующего года являлся заместителем главы администрации Ненецкого автономного округа Владимира Бутова, руководил представительством округа при Правительстве и Федеральном собрании России.

В 2002 году Малаков занял должность заместителя руководителя департамента Министерства Финансов России. С 2004 на протяжении восьми лет возглавлял управление, исполнял обязанности заместителя руководителя, работал заместителем руководителя Федеральной службы финансово-бюджетного надзора - Росфиннадзор, Сергея Павленко.

С 13 сентября 2012 года Малаков Николай Алексеевич являлся заместителем министра культуры Российской Федерации Владимира Мединского. Координировал и контролировал деятельность Департамента экономики и финансов и Департамента контроля и кадров.

В том же году возглавил «Ассоциацию выпускников Северного федерального университета имени Михаила Ломоносова». С 2013 года входил в состав Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений. В октябре 2015 года указом Президента России присвоен классный чин Действительного государственного советника РФ II класса.

Премьер-министр Дмитрий Медведев распоряжением от 29 января 2019 года отправил в отставку заместителя министра культуры Николая Малакова в связи с выходом на пенсию.

Приказом Министерства культуры России 25 февраля 2019 года Николай Малаков был назначен генеральным директором Госфильмофонда России. Сложил полномочия 30 апреля 2020 года. На этом посту его сменила Елена Филатова.

Женат. Имеет двух дочерей.

Награды Николая Малакова