Евгений Марченко родился 17 июля 1972 года. Рос в семье военнослужащего. В 1989 году окончил Ленинградское Нахимовское военно-морское училище. Последующие четыре года служил в Военно-морском флоте России. В 1999 году окончил юридический факультет Санкт-Петербургского государственного университета по специальности «Юриспруденция». С 1998 года по 2002 год был председателем общественной организации "Ассоциация молодых юристов".

С 2002 года по 2003 год Марченко Евгений был помощник депутата - председателя постоянной комиссии по устройству государственной власти, местному самоуправлению и административно-территориальному устройству Законодательного Собрания Санкт-Петербурга. В 2004 году был назначен главным специалистом постоянной комиссии по устройству государственной власти, местному самоуправлению и территориальному устройству Законодательного Собрания Санкт-Петербурга. В том же году был избран депутатом муниципального совета Санкт-Петербурга.

В 2007 год Евгений Евгеньевич был избран депутатом Законодательного Собрания Санкт-Петербурга, став членом постоянной комиссии по здравоохранению и экологии Законодательного Собрания Санкт-Петербурга. В том же году был награжден Митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Владимиром серебряной медалью святого первоверховного апостола Петра. В 2008 году награжден нагрудным знаком «За отличие в службе II степени».

С мая 2013 года Марченко депутат Законодательного Собрания  пятого созыва. Член комиссии по вопросам правопорядка и законности. Летом 2013 году поступил в Санкт-Петербургский университет на основную образовательную программу магистратуры «История», который успешно окончил в 2015 году. В марте 2014 года вошел в  состав Ассоциации Юристов России.

В сентябре 2014 года был награжден  знаком «За укрепление спортивного содружества» от всероссийского физкультурно-спортивного общества «Динамо» в связи с 90-летием со дня основания Санкт-Петербургской и Ленинградской областной организации спортивного общества. Тогда же был награжден Благодарностью от всероссийского физкультурно-спортивного общества «Динамо» за активную помощь в организации и проведении 90-летия со дня образования Санкт-Петербургской и Ленинградской областной организации ОГО ВФСО «Динамо».

На выборах 18 сентября 2016 года Марченко Евгений Евгеньевич был избран Депутатом Государственной Думы VII созыва, избирательный округ 0213, Северный - город Санкт-Петербург. Член фракции «Единая Россия». Член комитета ГД по государственному строительству и законодательству. Дата начала полномочий - 18 сентября 2016 год.