Рустэм Марданов родился 9 мая 1964 года в городе Уфа, Республика Башкортостан. В раннем возрасте мальчик проявил талант к обучению. После получения диплома о среднем образовании окончил Уфимский государственный авиационный технический институт.
Трудовой путь начал в 1986 году инженером кафедры экономики машиностроительного производства Уфимского авиационного технического института. С 1986 года на протяжении шести лет являлся аспирантом, научным сотрудником Уфимского федерального исследовательского центра Российской Академии Наук.
Далее до 1995 года работал старшим преподавателем, заведующим кафедрой управления производством Башкирского Государственного Университета.
Рустэм Хабибович в 1995 году стал заведующим сектором, далее назначен начальником управления, заместителем председателя Национального банка Республики Башкортостан.
С 1998 по 2000 год занимал должность первого заместителя Министра экономики и антимонопольной политики Республики Башкортостан. Затем являлся первым заместителем председателя, исполняющий обязанности председателя Национального банка Башкортостана.
Рустэм Марданов в 2002 году назначен Председателем Национального банка Республики Башкортостан. Занимал данную должность до 2013 года. Далее, в течении двух лет занимал кресло первого заместителя Председателя Правительства Республики Башкортостан.
Указом премьер - министра России Дмитрия Медведева в 2015 году Рустэм Хабибович занял пост Председателя Правительства Республики Башкортостан.
Премьер - министр Башкирии Рустэм Марданов 3 декабря 2018 года ушел в отставку из-за перехода на другую работу.
Награжден орденом Дружбы, почетным званием «Заслуженный экономист Республики Башкортостан», ведомственными грамотами
Орден Салавата Юлаева (3 декабря 2018)