Российский военнослужащий. Матрос Черноморского флота. Один из руководителей знаменитого восстания команды на броненосце «Князь Потемкин-Таврический» в июне 1905 года. Председатель судового комитета и его исполнительного комитета.

Афанасий Матюшенко родился 2 мая 1879 года в селе Дергачи, Украина. В одиннадцать лет окончил церковно-приходскую школу. Затем нужда заставила его уйти на заработки в Харьков, где работал смазчиком в Харьковском паровозном депо, грузчиком в Одесском порту, помощником машиниста на железной дороге. Вскоре поступил кочегаром на пароход.

В 1900 году Матюшенко призван на флот и зачислен в 36-й флотский экипаж. Учился в минно-машинной школе в Кронштадте. Затем проходил службу на учебном судне «Березань». В марте 1902 года назначен на строившийся в Николаеве броненосец «Потемкин», где являлся минным машинистом, а в октябре стал минно-машинным квартирмейстером 1 статьи.

Первый раз в революционных событиях Афанасий Матюшенко участвовал в ноябре 1904 года. Стал одним из лидеров моряков Севастополя, требовавших улучшения своего положения. В декабре того же года познакомился с социал-демократами и начал активно помогать их деятельности, вел революционную пропаганду среди матросов. При этом оставался беспартийным. Являлся участником сходок матросов под Севастополем и принимал участие в подготовке всеобщего восстания на флоте.

Во время протеста команды на броненосце «Потемкин» по поводу недоброкачественной пищи 27 июня 1905 года, Матюшенко возглавил группу матросов, просивших доложить командованию о червивом мясе. Выступал за единодушный отказ команды от обеда, запрещал матросам брать борщ с камбуза. Впоследствии одним из первых призвал матросов к оружию. Лично убил пятерых офицеров броненосца и руководил арестом оставшихся в живых офицеров и кондукторов.

В первый же день восстания Афанасий Николаевич избран председателем судового комитета и его исполкома. Руководил захватом судна «Веха», свез арестованных офицеров броненосца на берег в одесском порту. До последнего дня вел агитацию среди матросов, пытался направить ход событий в более активное русло, настаивал на высадке десанта в Одессу, походе в Севастополь для ареста офицеров и категорически возражал против сдачи корабля в Румынии.

После сдачи «Потемкина» румынским властям 8 июля 1905, Афанасий Матюшенко стал политэмигрантом. Первые дни жил в Бухаресте, затем уехал в Швейцарию. Вернувшись в Румынию, работал на заводе «Альфа» и в вагоносборочных мастерских. Являлся одним из инициаторов создания матросских комитетов и коммун. Подвергался слежке со стороны агента департамента полиции в Румынии.

В марте 1906 года Матюшенко арестован в Констанце за пропаганду среди матросов и специальным постановлением Совета министров Румынии выслан из страны. Жил в Швейцарии, где работал на заводе Зингера. Затем, восемь месяцев пробыв в Америке, переехал в Париж. В 1907 году вынужден бежать в Швейцарию из-за преследований полиции.

Афанасий Матюшенко 28 июня 1907 года приехал с паспортом на имя Федорченко и грузом бомб в Россию, высадившись с парохода в Одессе. Вскоре арестован в Николаеве, по делу об ограблении на пароходе «София». Находивший в тюрьме, опознан одним из филеров. Военно-полевой суд в Севастополе приговорил его к смертной казни.

Афанасий Николаевич Матюшенко казнен через повешение 2 ноября 1907 года во дворе Севастопольской тюрьмы, располагавшейся на территории Морского завода.

Память об Афанасии Матюшенко