Евгений Миллер родился 17 февраля 1978 года в городе Новосибирск. Там прошли детство и юность будущего актера. В школе Евгений играл в команде КВН и увлекался иностранными языками. После окончания школы Евгений переехал в Москву и поступил в Российский университет театрального искусства, на курс Теплякова-Кайдаловой.

После окончания института, в 1999 году, Евгений вернулся в Новосибирск и устроился в молодежный театр «Глобус», в котором проработал на протяжении шести лет. В 2002 году, на старте своей театральной карьеры, Евгений Миллер получил престижную премию «Парадиз» за антрепризу «Старший сын».

В 2005 году Евгений получил приглашение в спектакль «Бешеные деньги», который ставил Театр имени Н.В.Гоголя. В 2007 году актер перешел в театр Олега Табакова. В «Табакерке» он сыграл свои лучшие театральные роли. Актер задействован в спектаклях «Старший сын», «Отцы и дети», «Женитьба Белугина», «Процесс» и других.

Кинодебют актера состоялся в 2004 году, во втором сезоне многосерийного фильма «Кодекс чести». Через два года последовала роль в сериале «Острог. Дело Федора Сеченова». На сегодняшний день фильмография актера насчитывает более 25 разноплановых ролей. Известен по главным ролям в картинах «Без вести», «Ялта-45», «Кружева», «Двойная сплошная. Любовь» и другим.

В 2015 году на экраны вышел сериал «Людмила Гурченко», в котором актёр сыграл четвертого супруга артистки - Вадима Орлова. В этом же году завершились съемки многосерийного фильма «Ленинград-46», в котором Евгений играет роль начальника отдела по борьбе с преступностью Юрия Реброва.