Нарухито родился 23 февраля 1960 года в городе Токио, Япония. В детстве носил титул Хиро-но-мия. В возрасте четырех лет Нарухито был зачислен в престижную школу Гакусюин. Его родители, наследный принц Японии Акихито и принцесса Митико, с детства поощряли занятия старшего сына игрой на скрипке, скалолазанием, теннисом, верховой ездой и бейсболом. В 1974 году Акихито на год отправил его в Австралию для проживания в семье, что стало прецедентом в истории императорского дома. В старших классах Нарухито, интересовавшийся историей транспорта, вступил в географический клуб.
В 1978 году поступил в Университет Гакусюин. Окончил его в марте 1982 года со степенью бакалавра в области истории, защитив диплом по системам водного транспорта средневековой Японии. В июле 1983 года он поехал в Великобританию на трехмесячные курсы английского языка, а затем учился в колледже Мертон при Оксфордском университете, где продолжил изучение истории водного транспорта. Окончил его в 1986 году, но не стал защищать диссертацию. Вернувшись в Японию, вновь поступил в Гакусюин, где в 1988 году, первый из членов императорской фамилии, получил степень магистра в области истории. В 1992 году он стал приглашенным исследователем в архиве этого вуза.
Наследный принц Нарухито является почетным членом Мировой водной комиссии XXI столетия и патроном Глобального водного сообщества, органа, основанного Всемирным банком, Организацией Объединенных Наций и Шведским агентством развития. Занимается благотворительной деятельностью.
Нарухито стал членом Международного олимпийского комитета. От имени короны выполняет различные представительские обязанности как в пределах Японии, так и за границей. Является приверженцем Всемирной организации движения бойскаутов. Почетный вице-президент Японского общества Красного Креста.
В соответствии с законом 1 мая 2019 года Нарухито получил полномочия императора, после того, как его отец Акихито отрекся от престола в связи с преклонным возрастом. О решении покинуть трон он сообщил еще в 2016 году, год спустя японский парламент Японии одобрил законопроект, который позволил императору передать права наследнику. После отречения он получил титул «почетного императора». Таким образом Акихито стал первым за 200 лет императором, сложившим свои полномочия.
В токийском дворце 27 мая 2019 года Император Нарухито принял президента США Дональда Трампа. Американский лидер стал первым главой иностранного государства, удостоенным аудиенции у нового монарха Страны восходящего солнца.
Новый Император Японии Нарухито 22 октября 2019 года официально объявил о вступлении на престол в соответствии с конституцией страны и законом об императорском доме. Обращение монарха прозвучало во время церемонии по случаю интронизации в «Сосновом зале» токийского императорского дворца. В зале установлен массивный трон высотой 6,5 м и весом 8 тонн, изготовленный в начале прошлого века в соответствии с древними образцами.
Для участия в церемонии в Японию прибыли 400 представителей 174 стран и территорий, включая более 70 монархов и глав государств, а также около 1,6 тысяч представителей всех слоев японского общества. По случаю вступления императора на престол, правительство Японии объявило амнистию. Под нее попадут почти 550 тысяч человек. Речь идет в основном о полном восстановлении в правах ранее осужденных за не слишком серьезные правонарушения.
В свободное время принц играет на альте, любит бег и пешеходный туризм, а также занимается альпинизмом. Написал автобиографическую книгу про жизнь в Великобритании: «Темза и я: два года в Оксфорде», 1993. Особое внимание уделял проблемам водных экосистем и нередко выступал с докладами на международных научных форумах, посвященных проблемам водных ресурсов и санитарии. Нарухито является автором порядка 20 научных работ.
Имеет ряд национальных и зарубежных наград, а также почетных званий, в том числе доктора Оксфордского университет - 1991 год, вице-президента Японского общества Красного Креста -1994 год, президента Консультативного совета ООН по водоснабжению и санитарии - 2007.
Свою будущую жену, Масако Овада, Нарухито впервые встретил во время учебы в университете Гакусюин в 1986 году. Она - дочь дипломата и посла Японии при ООН (1994-1998) Хисаси Овада. Нарухито трижды делал ей предложение, они поженились 9 июня 1993 года. У супружеской пары 1 декабря 2001 года родилась дочь, принцесса Айко.