Денис Пудовкин родился 13 августа 1976 года в городе Ногинск, Московская область. Под влиянием отца с ранних лет много времени посвящал спорту. Занимался в секции дзюдо, бегал кроссы и катался на лыжах. В тринадцать лет приступил к занятиям в военно-патриотическом клубе «Россия» под руководством тренера Владимира Федорцова.
После окончания школы Пудовкин призван на службу в воздушно-десантные войска. По завершении службы в армии вернулся в родной город и поступил на работу в полицию. Сначала занимал должность во вневедомственной охране, а после этого работал оперуполномоченным. Позднее, после сдачи всех необходимых тестов, зачислен в отряд спецназа Министерства внутренних дел СОБР по Московской области, где за меткую стрельбу его назначили на должность снайпера. В составе отряда милицейского спецназа принял участие в боевых действиях в Чечне, в ходе которых награжден медалью «За отвагу».
По личной рекомендации своего тренера Владимира Федорцова, который являлся внештатным инструктором по рукопашному бою в Управлении «В» Центра Специального Назначения ФСБ России, в 2003 году Денис поступил на работу в спецподразделение «Вымпел». Сложнейшие нормативы, необходимые для зачисления, сдал с первого раза. За веселый нрав и храбрость в бою получил у своих товарищей прозвище «Гусар».
Денис Пудовкин 1 сентября 2004 года в составе своего подразделения прибыл в город Беслан республики Северная Осетия - Алания, где более тридцати террористов под командованием Руслана Хучбарова захватили в заложники свыше 1100 детей и взрослых в здании школы № 1. Когда в школьном спортзале произошло два взрыва, вместе со своим командиром Олегом Ильиным проводил рекогносцировку местности возле здания школы.
После того, как террористы начали расстреливать из окон убегавших женщин и детей,оба спецназовца, встав в полный рост, открыли огонь по боевикам, прикрывая заложников. В ходе перестрелки получили ранения, но не вышли из боя, продолжая эвакуировать детей из зоны обстрела. Во время штурма 3 сентября 2004 года перед группой поставлена задача зачистки помещений второго этажа школы. Проникнув на второй этаж и проследовав к актовому залу, штурмовая группа натолкнулась на ожесточенное сопротивление террористов, попытавшихся прорваться на второй этаж по лестнице, ведущей из столовой. Денису удалось застрелить одного из боевиков, но и сам при этом получил смертельное ранение пулеметной очередью.
За проявленные в ходе штурма мужество и героизм Денис Евгеньевич Пудовкин посмертно награжден орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени с изображением мечей.
Похоронен Денис Пудовкин на Николо-Архангельском кладбище города Москвы вместе с восемью другими погибшими в Беслане сотрудниками «Альфы» и «Вымпела».
С 2005 года в городе Ногинске проводится фестиваль боевых искусств, посвящённый памяти Дениса Пудовкина
На месте гибели Пудовкина у актового зала на втором этаже бесланской школы № 1 в 2012 году была установлена мемориальная табличка
Отец - Евгений Пудовкин
Мать - Ирина Пудовкина
Брат - Константин
Жена - Ольга
Сын - Ярослав