1893 - Орден Святого Станислава III степени

1896 - Орден Святого Станислава II степени

1897 - Медаль в память царствования Императора Александра III для ношения на груди на ленте ордена Святого Александра Невского

1903 - Орден Святого Владимира III степени

1906 - Орден Святого Станислава I степени

Ермолинская летопись и Ростовский владычный свод. 1/5 / А. А. Шахматов. - СПб.: тип. Имп. акад. наук, 1904. - 83 с. - Отд. отт. из «Изв. Отд-ния рус. яз. и словесн. Имп. акад. наук», т. 8 (1903 г.), кн. 4, с. 72-96, т. 9 (1904 г.), кн. 1, с. 366-423.

Сказание о призвании варягов: (Посвящается памяти А. Н. Пыпина) / А. А. Шахматов. - СПб.: тип. Имп. АН,1904., 82 с. - Отд. отт. из Изв. Отд-ния рус. яз. и словесности Имп. АН, т. 9 (1904 г.), кн. 4, с. 284-365.

Корсунская легенда о крещении Владимира. - Тип. Император. академии наук: Тип. Император. академии наук, 1908. - 136 с.

Мстислав Лютый в русской поэзии : (Из XVIII т. Сб. Харьковского ист.-филол. о-ва, изданного в честь проф. Н. С. Сумцова) / А. Шахматов. - Харьков: тип. «Печатное дело», 1908. - 12 с.

Разыскания о древнейших русских летописных сводах: (С прил. 2 вариантов текста Начала земли Русьсте) / А. А. Шахматов. - Санкт-Петербург : Тип. М. А. Александрова, 1908. - XX, 687 с., 1 л. табл. ; 27 см.- Отт. из т. 20 «Летописи занятий Археогр. комис.»

Предисловие к Начальному киевскому своду и Несторова летопись / А.А. Шахматов. - СПб. : тип. Имп. акад. наук, 1908. - , 58 с. - Отд. отт. из «Изв. Отд-ния рус. яз. и словесн. Имп. АН», т. 13 (1908 г.), кн. 1, с. 213-270.

Мордовский этнографический сборник (1910)

Заметка о составлении Радзивилловского списка летописи (1913)

К вопросу о древнейших славяно-кельтских отношениях : Ст. акад. А. А. Шахматова. - Казань : Типо-лит. Имп. ун-та, 1912. - 54 с.; 24.

Несторова летопись (1913-1914)

Нестор летописец (1914)

Повесть временных лет. Т. 1. Вводная часть. Текст. Примечания / А. А. Шахматов. Петроград : издание Археографической комиссии, 1916 - VIII, LXXX, 403 с.
Киевский Начальный свод 1095 г.

К вопросу о польском влиянии на русские говоры : Оттиск из «Русск. филологич. вестника» / А. А. Шахматов. - Варшава : тип. Варш. учеб. округа, 1912. - 11 с.

Очерк современного русского литературного языка : (курс, читанный в С.-Петербургском университете в 1911-12 уч. г.) / академик А. А. Шахматов ; издание Студенческого издательского комитета при Историко-филологическом факультете СПб. университета. - С.-Петербург : литография Богданова Эртелев П. Т., 1913. - 297, с. ; 28.- Библиография: с. 296-297. - Литография.

Энциклопедия славянской филологии / Отд-ние рус. яз. и словесности Императ. акад. наук ; под ред. И. В. Ягича. - СПб., 1908-1915. Вып. 11.1 : Очерк древнейшего периода истории русского языка /  введ. А. А. Шахматов. - 1915. - L, 367.

Введение в курс истории русского языка. Часть 1: Исторический процесс образования русских племен и народностей (1916)

Отзыв о сочинении П. Л. Маштакова: «Списки рек Днепровского бассейна», составленный академиком А. А. Шахматовым. Петроград, 1916.

Заметки по истории звуков лужицких языков : По поводу книги Л. В. Щербы: «Восточно-лужицкое наречие. Т. 1. (С прил. текстов). Петроград. 1915» / А. А. Шахматов. - Петроград : тип. Имп. акад. наук, 1917. - 40 с.

Заметка об языке волжских болгар (1918).
Древнейшие судьбы русского племени / А. А. Шахматов. - Пг., 1919. - 64 с.

Нариси з історії української мови та хрестоматія з пам’ятників письменської старо-українщини XI-XVIII в.в. / О. Шахматов, А. Кримський. - Київ: Друкар, 1922. - 182

Синтаксис русского языка / А. А. Шахматов; [под редакцией и с примечаниями Е. Истриной]. - Ленинград: Российская государственная академическая типография. Вып. 1: Учение о предложении и о словосочетаниях. - 1925. - 441 с.

Синтаксис русского языка / А. А. Шахматов; (под редакцией и с примечаниями Е. Истриной). - Ленинград: Российская государственная академическая типография. Вып. 2: Учение о частях речи : дополнения. - издательство Академии Наук СССР, 1927. - IV, 213 с.

Обозрение русских Летописных Сводов XIV‒XVI вв. / Отв. ред.: А. С. Орлов, Б. Д. Греков. Институт литературы АН СССР. - Москва; Ленинград: Изд-во АН СССР, 1938. - 373 с.

В честь Шахматова в ноябре 1971 года одна из улиц Петергофа названа его именем.

Российской академией наук с 1994 года за выдающиеся работы в области источниковедения, текстологии, языкознания присуждается Премия имени Алексея Шахматова.

Отец - Александр Алексеевич Шахматов (1828-1871) - выпускник Петербургского училища правоведения. Сенатор (1868), тайный советник.
Мать - Мария Федоровна Козен (1838-1870) - выпускница Екатерининского женского института в Петербурге.

Сестра - Евгения Александровна Масальская-Сурина (1903-1940). Автор воспоминаний о А. А. Шахматове («Воспоминания о моем брате»).

Жена - Наталья Александровна (урожденная Градовская) - дочь известного петербургского профессора истории А. Д. Градовского. До войны жила в Санкт-Петербурге. Предположительно, умерла в блокаду.
Сын - Александр Алексеевич (1898-1910) из-за туберкулезного менингита был прикован к постели.
Дочь - Ольга Алексеевна Шахматова-Копылова (1897-1942). Умерла в блокадном Санкт-Петербурге. Место захоронения: неизвестно.
Дочь - София Алексеевна Коплан-Шахматова (1901-1942) - сотрудница Архива АН СССР; умерла от голода в блокадном Санкт-Петербурге вместе с 15-летним сыном Алексеем Борисовичем (1925-январь, 1942). Место захоронения: Серафимовское кладбище.
Дочь - Екатерина (1903-1941, декабрь) - умерла в блокадном Санкт-Петербурге от голода. Место захоронения: неизвестно.