Евгений Шибалко родился 10 февраля 1986 года. В 2010 году окончил Российский институт театрального искусства, ГИТИС, мастерскую В.А. Андреева. Получил приглашение в труппу Московского Художественного театра имени Максима Горького, где Евгений принял участие в спектаклях: «Любовь взаймы», «Красавец мужчина», «Страх и отчаяние в третьей империи», «Юбилей», «Свадьба».

Кинодебют актера состоялся в 2008 году в фильме «Взрослые игры». Затем последовали фильмы с его участием: «Склифософский» 1 сезон, «Переезд», «Взгляд из вечности», «Москва. Три вокзала», «Солнце в подарок», «Майор Гром. Выходной».

В 2016 году Евгений Шибалко принял участие в крупных проектах «Мата Хари», сыграв Виктора Хартунга, и «Орден» в роли Крылова.