Вадим Яковенко родился 2 января 1970 года в городе Сочи, Краснодарский край. В 1995 году окончил юридический факультет Кубанского государственного университета в Краснодаре. Имеет ученую степень кандидата юридических наук.
Завершив обучение Яковенко устроился на работу в органы прокуратуры города Сочи, где прошел путь от следователя до прокурора Хостинского района. В 2006 году приглашен на работу в аппарат полномочного представителя президента Российской Федерации в Южном Федеральном округе, став федеральным инспектором, а впоследствии главным федеральным инспектором по Краснодарскому краю.
Вадим Владимирович переведен в Москву в 2008 году, где возглавил отдел контроля за реализацией посланий президента и нацпроектов контрольного управления президента России. С 2010 года руководил следственным управлением Следственного комитета по Москве. Затем 6 февраля 2015 года назначен заместителем руководителя Федеральной миграционной службы, курирующим вопросы противодействия коррупции.
С декабря 2016 года Яковенко являлся главным федеральным инспектором по Московской области аппарата полномочного представителя президента РФ в ЦФО.
Указом Премьер-министра России Дмитрия Медведева от 21 декабря 2018 года назначен руководителем Федерального агентства по управлению государственным имуществом.
Вадим Владимирович Яковенко является действительным государственным советником РФ 2 класса. Имеет звание Генерал-лейтенант юстиции.