Владимир Якунин родился 30 июня 1948 года в городе Меленки, Владимирская область.
Мальчик вырос в семье военнослужащего. Отец, являлся летчиком и служил в эстонском городе Пярну, где имелась сложная политическая обстановка. Поэтому из соображений безопасности отправил жену в деревню к ее родителям. После улучшения ситуации вместе с сыном вернулась обратно на место службы мужа.
Детство парня прошло на эстонском побережье Балтийского моря, в портовом и курортном городке. Его мама работала бухгалтером. В 1964 году отец уволился, и семья переехала в Санкт-Петербург. Там Владимир окончил школу № 366 и высшее учебное заведение «Военмех».
После получения в 1972 году высшего образования молодой инженер трудился в Государственном институте прикладной химии с подчинением шестому Управлению, где разрабатывались составы для боеприпасов, систем воздействия на атмосферные явления.
В 1974 году Якунин поступил на работу в органы государственной безопасности. Через три года заочно окончил Высшую школу КГБ и был направлен в государственный комитет экономических связей при Совете министров. В период с 1982 по 1985 год руководил отделом по работе с иностранцами столичного Физико-технического университета, являясь офицером контрразведки КГБ.
С 1985 года находился на дипломатической службе в США. В 1985-1991 годах был втором, а потом первым секретарем постоянного представительства СССР при ООН, работал в Комитете по мирному использованию космического пространства (Вена, Австрия).
По приезду на родину подал рапорт о переходе в центральный аппарат разведки, но получил отказ и тогда принял решение покинуть государственную службу.
В возрасте сорока трех лет Якунин занялся бизнесом. В партнерстве с прежними сослуживцами учредил акционерное общество закрытого типа «Международный центр делового сотрудничества», где занял должность председателя совета директоров. Предприятие специализировалось на привлечении иностранных инвестиций. Компания сотрудничала с мэрией Санкт-Петербурга, которую возглавлял Анатолий Собчак, и городским Комитетом по внешним связям, председателем которого тгла был Владимир Путин.
Параллельно принимал участие в становлении банка «Россия», НПП «Темп», руководил автоцентром «Бикар», входил в состав совета директоров банка директоров Балтийского морского пароходства и отеля «Европа».
В 1997-2000 годах возглавлял Северо-Западную окружную инспекцию Главного контрольного управления президента РФ, начальником которого был Владимир Путин. Занимался экспортом цветных металлов. Одновременно трудился в компании «Стрим», экспортируя лес, хлопок, нефтепродукты. Также являлся одним из восьми учредителей «Озера» - кооператива-аналога московской «Рублевки».
С 2000 года по 2002 год был заместителем министра транспорта РФ Сергея Франка, отвечая за развитие торгового флота и деятельность морских портов. В апреле 2001 года был избран председателем совета директоров ОАО «Новороссийское морское пароходство», а в январе 2002 года - председателем совета директоров ОАО «Восточный порт» в Приморском крае. С февраля 2002 года занимал кресло первого заместителя министра путей сообщения РФ Геннадия Фадеева, блестяще осуществив реорганизацию ведомства в открытое акционерное общество.
В 2003 году после реорганизации Министерства путей сообщения был назначен первым вице-президентом ОАО «Российские железные дороги». Первым президентом был Геннадий Фадеев. В новой должности Якунин курировал финансово-экономический блок. В 2005 году он возглавил корпорацию РЖД. Позднее был вновь назначен на пост президента в 2008, в 2011 и в 2014 годах.
В том же 2005 году под руководством профессора Александром Соловьева защитил кандидатскую диссертацию «Механизм разработки геостратегий в современном российском государстве на примере транспортно-железнодорожной сферы». Через два годе получил докторскую степень, защитив диссертацию «Процессы и механизмы формирования государственной политики в современном российском обществе».
Среди научных трудов и монографий Якунина: «Формирование геостратегий России: транспортная составляющая», «Политология транспорта: политическое измерение транспортного развития», «Формирование государственной политики в современной России: проблемы теории и практики».
С 2006 года является научным руководителем и председателем попечительского совета Центра изучения кризисного общества. С конца 2010 года заведует кафедрой государственной политики факультета политологии МГУ имени Михаила Ломоносова.
Позднее для повышения престижа политологического образования МГУ по инициативе Владимира Ивановича совместно с факультетом политологии МГУ реализуется «Образовательная программа по политологии PolitIQ». Якунин также является приглашенным профессором Стокгольмской школы экономики и Пекинского университета, почетный доктором Дипломатической академии МИД России.
С 2012 года занимает пост председателя Международного союза железных дорог. В 2014 году ему был присвоен высший дипломатический ранг - Чрезвычайный и полномочный посол.
Временно исполняющий обязанности губернатора Калининградской области Николай Цуканов 17 августа 2015 года предложил кандидатуру Якунина в члены Совета Федерации: представителя от исполнительного органа государственной власти субъекта России. Однако, 15 сентября 2015 года Владимир Иванович отказался от сенаторской должности. Причиной этого стала юридическая невозможность в статусе сенатора продолжать работу в руководящих органах международных общественных организаций.
Председатель Правительства России Дмитрий Медведев 20 августа 2015 года подписал распоряжение об освобождении Якунина от должности президента РЖД. Наиболее важным результатом своей деятельности в железнодорожной отрасли Якунин назвал сохранение и развитие тяжелого машиностроения в сфере производства отечественных локомотивов, грузовых, пассажирских вагонов.
В 2016 году стал соучредителем Исследовательского Института «Диалог Цивилизаций». В том же году учрежденный Якуниным Фонд целевого капитала «Истоки» начал проект по обучению студентов факультета политологии Московского государственного университета в крупных вузах мира: во Франции, Китае, Великобритании, Сингапуре и Гонконге.
Якунин является основателем и руководителем ряда благотворительных организаций. Основанный им фонд Андрея Первозванного восстановил традицию принесения в Россию из Иерусалима Благодатного огня.
В середине марта 2019 года Канада ввела санкции против 114 лиц, включая Якунина, из-за присоединения Крыма. Сам Владимир Иванович назвал санкции «незаслуженными».
В апреле 2019 года Владимир Якунин возглавил отдел политологии в Центре политологии Института социально-политических исследований РАН.
В апреле 2022 года Великобритания включила Якунина в санкционный список, назвав его «Президентом РЖД». Однако, к несчастью некомпетентных лиц, он покинул этот пост много лет назад.
Награды России:
2012 - Лауреат премии Правительства Российской Федерации в области науки и техники за разработку сталей, технологии изготовления, внедрение комплекса инновационных проектов и освоение массового производства железнодорожных колес повышенной эксплуатационной стойкости для вагонов нового поколения
2005 - Медаль Павла Мельникова за большой личный вклад в развитие транспортного комплекса России
2006 - Орден Почета за большой вклад в развитие железнодорожного транспорта и многолетнюю добросовестную работу
2007 - «Почетный железнодорожник ОАО «Российские железные дороги» за вклад в реализацию мероприятий по реформированию железнодорожного транспорта, разработку стратегии развития российских железных дорог, обеспечение конструктивной социальной политики, эффективное взаимодействие с органами государственной власти Российской Федерации и субъектов Российской Федерации, а также с зарубежными железнодорожными администрациями и международными организациями
2007 - Медаль «За развитие железных дорог» за большой вклад в развитие железнодорожного транспорта и достигнутые трудовые успехи
2008 - Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени за большой вклад в развитие железнодорожного транспорта и многолетнюю добросовестную работу
2008 - Почетная грамота Правительства Российской Федерации за большой личный вклад в обеспечение эффективной работы железнодорожного транспорта и многолетний добросовестный труд
2009 - Медаль «За содействие в обеспечении специальных программ» за высокую организацию работы по выполнению Указа Президента Российской Федерации «Вопросы мобилизации Российской Федерации»
2009 - Медаль «90 лет транспортной милиции» за весомый вклад в дело охраны общественного порядка и в связи с 90-летием со дня образования органов внутренних дел на транспорте
2013 - Орден Дружбы за достигнутые трудовые успехи и многолетнюю добросовестную работу
2014 - Орден Александра Невского за подготовку к Олимпийским играм в Сочи
2015 - Знак «За заслуги в развитии ОАО «Российские железные дороги» I степени» за многолетний, добросовестный труд на железнодорожном транспорте, большой вклад в развитие РЖД
2015 - Медаль «За безупречный труд и отличие» I степени за вклад в развитие транспортного комплекса России, многолетнюю и добросовестную работу
2015 - Медаль Петра Столыпина I степени За заслуги в решении стратегических задач социально-экономического развития страны и многолетний добросовестный труд
Награды СССР:
Медаль «За боевые заслуги»
Награды субъектов Федерации:
2009 - Орден «За заслуги перед Алтайским краем» I степени за большой вклад в социально-экономическое развитие Алтайского края
2015 - Знак отличия «За заслуги перед Новосибирской областью» за выдающиеся достижения, направленные на развитие области
Награды иностранных государств:
2002 - Командор ордена Великого князя Литовского Гядиминаса
2006 - Орден «Данакер» за большой вклад в развитие экономических отношений между Кыргызской Республикой и Российской Федерацией
2009 - Орден «Дружба» за особые заслуги в укреплении сотрудничества и взаимных связей между Азербайджаном и Россией
2011 - Орден Достык II степени
2011 - Кавалер Большого креста с Золотой звездой почетного знака «За заслуги перед Австрийской Республикой»
2011 - Великий офицер ордена «За заслуги перед Итальянской Республикой»
2012 - Кавалер Большого креста ордена Гражданских заслуг
2012 - Орден Почета за значительный вклад в дело укрепления и развития сотрудничества между Республикой Армения и Российской Федерацией в сфере экономики
2012 - Кавалер ордена Почетного легиона
2014 - Орден Полярной Звезды
2013 - Золотая медаль «За заслуги» за организацию гуманитарной помощи для Косово и Метохии, в рамках которой дети из Косово смогли съездить в Россию, а также организацию поездок в Косово для российских журналистов
Награды международных и межправительственных организаций:
2011 - Грамота Содружества Независимых Государств за активную работу по укреплению и развитию Содружества Независимых Государств
2014 - Медаль «Почетный транспортник Содружества Независимых Государств» за большие заслуги в развитии транспортных систем государств Содружества, укрепление сотрудничества на транспортном пространстве СНГ, активное участие в работе КТС СНГ
Конфессиональные награды:
2005 - Орден преподобного Серафима Саровского II степени
2008 - Орден святого благоверного князя Даниила Московского I степени
2008 - Орден «Аль-Фахр» I степени за значительный вклад в дело развития и укрепления идеи диалога цивилизаций, распространение идеалов мирного сосуществования народов и религиозных традиций, а также в связи с 60-летним юбилеем
2009 - Орден преподобного Андрея Рублева I степени
2004 - Кавалер ордена Святого Гроба Господня за большой вклад в развитие диалога цивилизаций и народов и организацию всеправославной молитвы «Просите мира Иерусалиму»
2005 - Орден святого Саввы I степени за деятельную любовь к братскому сербскому народу и Сербской Православной Церкви
2009 - Орден святых равноапостольных Кирилла и Мефодия за вклад в укрепление дружбы между народами России, Чехии и Словакии
2010 - Командор ордена святых апостолов Петра и Павла за труды на благо Православной Церкви
2010 - Орден святителя Иннокентия II степени
2012 - Синодальный Знаменский орден II степени
2013 - Орден «Славы и Чести» II степени во внимание к помощи Церкви и в связи с 65-летием
2018 - Совет муфтиев России наградил Якунина медалью «За заслуги» за заслуги в укрепление духа доверия и сотрудничества между людьми разных религиозных традиций в многонациональном российском обществе, а также за поддержку идей Совета муфтиев России и Духовного управления мусульман Российской Федерации
Награды общественных организаций:
2000 - Лауреат Международной премии Андрея Первозванного «Вера и Верность» за вклад в укрепление российской государственности и активное участие в реализации проекта создания Центра национальной славы
Автор научных и публицистических работ
Якунин В. И., Багдасарян В. Э., Сулакшин С. С. Государственная политика вывода России из демографического кризиса. М.: Научный эксперт, Экономика, 2007.
Якунин В. И., Багдасарян В. Э., Сулакшин C.C. Идеология экономической политики: проблема российского выбора. Монография - М.: Научный эксперт, 2008.
Якунин В. И., Багдасарян В. Э., Куликов В. И., Сулакшин С. С. Вариативность и цикличность глобального социального развития человечества. Монография - М.: Научный эксперт, 2009.
Якунин В. И., Сулакшин С. С., Симонов В. В., Багдасарян В. Э., Вилисов М. В., Куропаткина О. В., Нетесова М. С., Сазонова Е. С., Силантьев Р. А., Хвыля-Олинтер А. И., Ярутич А. Ю.Социальное партнерство государства и религиозных организаций. Монография. - М.: Научный эксперт, 2009. - 232 с.
Якунин В. И., Багдасарян В. Э., Сулакшин C.C. Западня: новые технологии борьбы с российской государственностью. - М.: Эксмо, Алгоритм, 2010.
Якунин В. И. Железные дороги России и государство - М.: Научный эксперт, 2010.
Якунин В. И., Багдасарян В. Э., Сулакшин С. С., Новые технологии борьбы с российской государственностью: монография. 3-е изд. исправл. и дополн. - М.: Научный эксперт, 2013. - 472
Президент-основатель Мирового общественного Форума «Диалог цивилизаций».
Cоучередитель Исследовательского Института «Диалога Цивилизаций»
Сопрезидент Ассоциации «Франко-российский диалог».
Научный руководитель и председатель Попечительского совета Центра изучения кризисного общества.
Заведующий кафедрой государственной политики факультета политологии Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова.
Председатель Попечительского совета Благотворительного фонда социальной помощи детям «Расправь крылья!».
Член Попечительского совета Фонда «Русский мир».
Доктор политических наук. Приглашенный профессор Стокгольмской школы экономики.
Почетный доктор Дипломатической академии МИД России.
Руководитель Центра научного обоснования и реализации мегапроекта «Интегральная евразийская транспортная система» (ИСПИ РАН).
Сопредседатель Совета делового сотрудничества Россия - Франция.
Член Президиума Совета Российского общества политологов.
Действительный член Российской академии социальных наук.
Приглашенный профессор Пекинского университета.
Жена - Наталья Викторовна Якунина (р. 1 января 1948), одноклассница, по профессии инженер. Ведет благотворительный проект «Святость материнства».
Старший Сын - Андрей (р. 1975), окончил экономический факультет Санкт-Петербургского государственного университета, продолжил образование в Лондонской школе бизнеса и бизнес-школе Колумбийского университета. Проживает со своей семьей в Лондоне, имеет лучшую в британской столице русскую библиотеку и фонотеку для детей.
Имеет сына и дочь. Сын Игорь закончил престижную лондонскую школу Highgate School.
Младший сын - Виктор (р. 1978), окончил юридический факультет Санкт-Петербургского государственного университета, с середины 2000-х годов работал в российском офисе трейдинговой компании Gunvor. С 2007 занимал пост директора по юридическим вопросам, курировал вопросы юридического обеспечения проектов Gunvor в России. Проживает с женой и двумя детьми в Санкт-Петербурге.