Беспорядки на этнической почве в Баку, столице Азербайджанской ССР, начались 13 января 1990 года. Погром сопровождался насилием в отношении армянского населения, грабежами, убийствами, поджогами и уничтожением имущества. Жертвами погромов стали, по различным данным, от 48 до 90 человек. Иногда армянский погром рассматривается как часть событий «Черного января», приведших к вводу советских войск в Баку.

Согласно Тому де Ваалу, 12 января 1990 года Неймат Панахов и Рагим Газиев, представители радикального крыла Народного фронта Азербайджана, выступили по Бакинскому телевидению и заявили, что Баку заполнен бездомными беженцами, а тысячи армян до сих пор живут в комфорте, - провоцируя тем самым людей на насилие против армян. Согласно другой версии, погромы начались после объявления об убийстве армянином азербайджанца Мамедова.

Армянские погромы начались 13 января. Огромная толпа, выкрикивая националистические лозунги, собралась на митинг Народного Фронта на площади Ленина, а к вечеру группа людей откололась от митингующих, и стала нападать на армян.

Начались двухдневные погромы. Как и в Сумгаите, действия нападавших отличались изощренной жестокостью: район вокруг армянского квартала стал ареной массовых убийств, людей выбрасывали с балконов верхних этажей, толпы нападали на армян и забивали их до смерти. Большинство погибших умерли от избиений и ножевых ранений, не было огнестрельных ран. Погром сопровождался грабежами.

Однако, многие азербайджанцы прятали армян от погромщиков. Помимо армян, погромщики также нападали на азербайджанцев. Оставшихся в живых под защитой военных посадили на паромы и перевезли через Каспийское море в город Красноводск в Туркмении. Впоследствии бакинские армяне рассеялись по Армении, России, Нагорному Карабаху и Туркмении.

Местные органы власти, а также расквартированные в городе 12-тысячный контингент внутренних войск и части советской армии не вмешивались в происходящее, ограничиваясь только охраной правительственных объектов.

В ночь с 19 на 20 января 1990 года советская армия штурмовала Баку руководствуясь указом о вводе в городе чрезвычайного положения, которое было объявлено несколько часов спустя. После того, как войска штурмовали Баку, армянские погромы прекратились. В результате штурма города войсками погибло 134 и было ранено более 700 человек, в основном азербайджанцев, и погибло не менее 20 советских солдат.

Впоследствии свидетели рассказывали, что они обращались к милиционерам на улице с просьбой спасти армян, но милиционеры не сделали ничего и отвечали «У нас приказ не вмешиваться». Существует информация, что погромы не были полностью стихийными, так как погромщики имели списки армян и их адресов.

По рассказам очевидцев, опубликованных на страницах «Учительской газеты», известно, что экстремисты прекрасно организованы, чего не скажешь о местных властях. Накануне трагических событий жилищные конторы по всему Баку потребовали всех заполнить анкеты, якобы для получения талонов на продукты. В анкетах нужно было указать и национальность. Когда начались погромы, в руках экстремистов оказались точные адреса: где живут армяне, где русские, где смешанные браки. Это была продуманная националистическая акция.