После победы царизма над «Пугачевщиной», манифестом Екатерины II от 14 августа 1775 года «Об уничтожении Запорожской Сечи и о причислении оной к Новороссийской губернии», была ликвидирована Запорожская Сечь. Общественно-политическая и военная организация украинского казачества она долго сохраняла относительную автономию в Российской империи, поскольку играла видную роль в ее войнах с Турцией и Крымом.

Причинами такого решения Екатерины II была совокупность целого ряда событий. К концу XVIII века после многочисленных политических и военных побед Российской империи над Турцией был заключен Кючук-Кайнарджийский мирный договор, по которому Российская Империя получила выход к Черному морю, была создана Днепровская оборонительная линия, Крымское ханство, которое на протяжении нескольких веков терроризировало окраины России, было присоединено, католическая Речь Посполитая была на грани раздела.

Таким образом, дальнейшая необходимость в охране казаками границ Российской империи отпала. В то же время, между низовыми казаками и царским правительством, приступившим к этому времени к активному освоению земель Новороссии, временами возникали конфликты. Казаки неоднократно громили колонии сербских поселенцев в Таврии из-за земельных споров.

К тому же, после восстания Пугачева, в котором участвовали запорожские казаки, российское правительство, боясь того, что восстание перекинется на Запорожье, приняло решение ликвидировать Запорожскую Сечь.

После ликвидации Сечи, казаки были предоставлены своей судьбе, бывшим старшинам были даны дворянство и обширные поместья, а нижним чинам разрешено вступить в гусарские и драгунские полки. Но вскоре Петр Калнышевский, Павел Головатый и Иван Глоба за измену и переход на сторону Турции части казаков, сформировавших Задунайскую Сечь, были сосланы в разные монастыри Соловков и Сибири, хотя паспорта казакам выдал Потемкин, большинство ушедших не были малороссами, как старшины, и старшины в этой измене не участвовали.

До ликвидации Сечи старшины думали всем войском переселяться и вели переговоры с Англией о поселении в ее колониях, но после ликвидации эти руководители оказались довольны, так как были удовлетворены полученными поместьями. Их осудили, чтобы обелить выдавшего казакам паспорта якобы для рыбной ловли Потемкина. Калнышевский на Соловках прожил до 112-летнего возраста и даже после амнистии Александра I предпочел остаться там. Глоба также прожил до глубокой старости в Белозерском монастыре.

Ликвидация такого крупного воинского формирования, как Запорожская Сечь, принесла целый ряд проблем. Около 12 тысяч запорожцев остались в подданстве Российской империи, многие не выдержали жесткую дисциплину регулярных армейских частей.

При этом, все еще сохранялась и внешняя военная угроза со стороны Турции. Поэтому было решено восстановить казачество и в 1787 году казачьи старшины подали прошение на имя императрицы, в котором выразили желание по-прежнему служить. Александр Суворов, который по приказу императрицы Екатерины II организовывал армейские подразделения на юге России, занялся формированием нового войска из казаков бывшей Сечи и их потомков.

В торжественной обстановке Александр Суворов 27 февраля 1788 года собственноручно вручил старшинам Сидору Белому, Антону Головатому и Захарию Чепиге белое войсковое знамя, пожалованное императрицей Екатериной II, а также флаги и другие клейноды, которые были конфискованы при ликвидации Запорожской Сечи. Так появилось «Войско верных Запорожцев».

Войско Верных Запорожцев, переименованное в 1790 году в Черноморское казачье войско, участвовало в Русско-турецкой войне 1787-1792 годов. По окончании войны, в знак благодарности от Екатерины II, им была выделена территория левобережной Кубани, которую они заселили в 1792-1793 годы. Войско приняло активное участие в Кавказской войне и множестве других приграничных военных конфликтах.

В 1828 году, задунайские казаки во главе с кошевым Йосипом Гладким перешли на сторону России и были помилованы лично Императором Николаем I. Из них было сформировано Азовское казачье войско. Оно, как и исторические морские походы Запорожцев, играло роль преимущественно береговой охраны Кавказского побережья, и особенно отличилось в Крымской войне. В 1860 году войско расформировали и казаков переселили на Кубань.

Последний кошевой Задунайской Сечи, наказной атаман Азовского казачьего войска, генерал-майор Осип Гладкий похоронен на исторической родине казаков в Александровске. В том же 1860 году Черноморское войско объединили с двумя левыми полками Кавказского линейного войска в Кубанское казачье войско, которое сохранилось по настоящее время.