В ходе Абхазского конфликта, 16 сентября 1993 года началось сражение за город Сухуми. Абхазы нарушили перемирие и возобновили наступление. Для усиления группировки грузины попытались перебрасывать войска в Сухуми на гражданских самолетах. Абхазы, развернув настоящую охоту на гражданскую авиацию, сумели сбить из ПЗРК на катерах несколько самолетов, заходивших на посадку в аэропорту города.

Как утверждают участники боевых действий с абхазской стороны, значительную роль сыграло также получение абхазами от России некоторого количества артиллерийских орудий и минометов, обеспечение их необходимыми боеприпасами и обучение боевых расчетов.

Сухуми был взят абхазскими вооруженными формированиями 27 сентября. Эвакуацию комбатантов и гражданского населения осуществлял российский Черноморский флот, хотя крупные массы беженцев пытались выбраться из Сухуми также на восток, через Кодорское ущелье, и вдоль побережья. Существует несколько противоречивых версий относительно того, каким образом удалось выбраться из осажденного города самому Эдуарду Шеварднадзе.

К 30 сентября 1993 года абхазскими вооруженными силами контролировалась уже вся территория автономии. Около 250 тысяч этнических грузин в страхе перед реальной и предполагаемой угрозой со стороны победителей стали беженцами - покинули свои дома и ушли самостоятельно через горные перевалы или были вывезены в Грузию по морю. Около 70 тысяч из них в течение нескольких лет вернулись в Абхазию, в основном в Гальский район.

Поражение в Абхазии привело к падению морального духа грузинской армии. Одновременно активизировались вооруженные отряды сторонников свергнутого президента Гамсахурдиа, пользовавшегося большой поддержкой на западе Грузии. Часть грузинских войск перешла на его сторону. Грузия стояла перед лицом полномасштабной гражданской войны.

В условиях полного развала вооруженных сил Эдуард Шеварднадзе дал согласие на вступление в СНГ и продолжение пребывания российской армии в Грузии, взамен попросив военной помощи у России. Россия «рекомендовала» абхазам остановить наступление, и грузинские силы смогли сконцентрироваться на подавлении мятежа в Западной Грузии.

В сентябре 1993 грузинская фракция абхазского парламента в числе других беженцев была вынуждена покинуть Сухуми и переехать в Тбилиси. На сегодняшний момент помимо не признанного официальным Тбилиси фактического руководства Абхазии продолжают существовать также Верховный совет и правительство Абхазской автономной республики в изгнании.

При посредничестве России 14 мая 1994 года было заключено Соглашение о прекращении огня и разделении сил. С 23 июня 1994 года на территории Абхазии находились миротворческие силы СНГ - фактически это те же российские подразделения ВДВ, дислоцировавшиеся здесь ранее.

Вдоль реки Ингури была установлена 12-километровая «зона безопасности». Единственным районом Абхазии, который контролировала Грузия, являлось Кодорское ущелье. С августа 2008 года, после признания независимости со стороны России, пребывание российских вооруженных сил в Абхазии регламентируется соответствующими двусторонними договорами.