Отряды чеченских боевиков, возглавляемые Шамилем Басаевым и Хаттабом, 7 августа 1999 года вторглись в Ботлихский, а затем в Новолакский район Республики Дагестан. С этого дня началась Вторая чеченская война. Местные власти обратились с призывом к федеральным войскам оказать поддержку и провести военную операцию против террористов.

Проникновение в Дагестан идей радикального исламского течения - ваххабизма - началось еще в конце 1980-х годов. Одним из представителей дагестанских ваххабитов был Багаутдин Кебедов, установивший во время Первой чеченской войны тесные контакты с арабским наемником Хаттабом и чеченскими полевыми командирами.

После гибели Джохара Дудаева в 1996 году и окончания Первой чеченской войны, сторонники ваххабизма стали стремительно завоевывать позиции в Чечне, чему способствовала политика президента ЧРИ Зелимхана Яндарбиева.

В 1997-1998 годах в Чечне получило политическое убежище несколько десятков дагестанских исламистов. Часть из них воевала на стороне сепаратистов во время Первой чеченской войны, другие участвовали в дагестанском салафитском подполье, за что в самом Дагестане находились в розыске. Вышеупомянутый Багаутдин Кебедов при материальной поддержке чеченских полевых командиров создал и вооружил автономные боевые формирования.

Он объявил о намерении превратить Дагестан в независимое исламское государство и начал подготовку вооруженной борьбы против «пророссийского» руководства республики. Террорист сформировал некое подобие правительства в изгнании, назвав его Исламской шурой Дагестана. При участии Кебедова и его сторонников в апреле 1998 года в Грозном состоялся учредительный съезд организации «Конгресс народов Ичкерии и Дагестана» - КНИД, руководителем которой стал Шамиль Басаев.

Идея создания этой организации была созвучна идее многих чеченских полевых командиров - «освобождению мусульманского Кавказа от российского имперского ига». Под эгидой КНИД были созданы вооруженные формирования, в том числе «Исламская международная миротворческая бригада», которой командовал Хаттаб. КНИД неоднократно выступал с угрозами в адрес «пророссийского руководства» Дагестана, обвиняя его в преследовании местных мусульман, заявляя об «отсутствии легитимной власти» в республике.

В 1999 году боевики Кебедова начали мелкими группами проникать в Дагестан и создавать в труднодоступных горных селениях военные базы и склады оружия. В июне-августе 1999 года произошли первые столкновения между проникшими в Дагестан боевиками и дагестанской милицией, в результате которых погибло и было ранено несколько милиционеров. Власти Дагестана призвали федеральные войска провести военную операцию против исламистов.

Кебедов уговаривал чеченских полевых командиров помочь дагестанским мусульманам в «освобождении священной дагестанской земли от оккупации неверными». При этом он утверждал, ссылаясь на своих родственников и сторонников в Дагестане, что в случае ввода отрядов исламистов в Дагестан подавляющее большинство населения Дагестана поддержит их и поднимет всеобщее антироссийское восстание.

КНИД, возглавляемый Шамилем Басаевым и Хаттабом, согласился оказать военное содействие Кебедову, а также призвал к этому других полевых командиров, всего собралось около 40 командиров разных уровней, включая Арби Бараева, Рамзана Ахмадова, Абдул-Малика Межидова и других.

На решение КНИД оказать военную поддержку отрядам Кебедова оказал влияние имевший место в 1998-1999 годах конфликт в руководстве Чечни между сторонниками курса Аслана Масхадова и «радикалами» - оппозиционной Шурой во главе с Шамилем Басаевым, а также нежелание отказывать в помощи единоверцам, многие из которых воевали на стороне чеченских сепаратистов в Первую чеченскую войну.